Флаг МО "Баяндай" утвержден решением Думы муниципального образования "Баяндай" от 31 октября 2018 года № 10 и внесен в Государственный геральдический регистр РФ под № 12094. Описание флага:

"Прямоугольное двухстороннее малиновое полотнище с отношением ширины к длине 2:3, с зеленой полосой вдоль нижнего края в 1/6 ширины полотнища и воспроизводящее фигуры муниципального образования "Баяндай", выполненные желтым и белым цветом.».

Обоснование символики флага муниципального образования "Баяндай".
Флаг муниципального образования "Баяндай" создан на основе герба муниципального образования "Баяндай" и повторяет его символику, просто и тоже время многозначно отражая природные, культурные и исторические особенности поселения.
Конь для бурята - не только средство производства, но скорее дар богов, который надо холить и лелеять. Буряты разводили пять видов скота и считалось, что наличие всего набора обеспечивает хозяину полный достаток. В бытовом обиходе буряты скот называют словами ухэр мал, адуу мал, адуукан. Но для его обозначения существует также более поэтизированное обобщенное название табан хушуун мал ("пять видов скота"). Перечисляют их традиционно в следующей последовательности: морин эрдэни (букв.: "конь драгоценный"), ухэр (крупный рогатый скот), хонин (овцы), яман (козы), тэмэн (верблюды).
Первое место в этом перечне всегда занимает конь. Отношение к нему, как к самому дорогому другу являлось следствием огромной роли в жизни кочевников - скотоводов и охотников. Буряты осознавали неразрывную связь коня с человеком и особенно с хозяином, батором. Они говорили: "Конь - друг мужчины. Чем иметь плохого товарища, лучше ездить на добром коне". Связь батора с его конем повторяется в потомстве того и другого, что обусловлено одновременностью их браков. Предназначенный батору конь - нередко его ровесник, родившийся с ним в один день. В эпосе есть упоминание о молочном братстве батора и его коня, наличествует функция коня как воспитателя детей-сирот. Кони - спасители героев, хранители заветного родового оружия, ниспосланного с неба, как и сам конь.
Конь всегда был рядом с бурятом. Он не только спасал всадника во время перекочевок и вооруженных стычек, но и давал мясо, кумыс. Конский волос шел на изготовление веревок, из кожи шили обувь, из сухожилий сучили прочные нити. Все лошади, говорят буряты, - чисты. Над дверью юрты вешали подкову на счастье, конский волос обладал магической силой отгонять злых духов. Никто не смел бить и ругать лошадь. Млечный путь, верили буряты, - есть молоко небесной кобылицы.
Один из почитаемых бурятами металлов - это серебро (белый цвет). Определение "белый" употребляется в бурятском языке и устном народном творчестве в таких выражениях, как честный труд, материнское молоко, истина, открытая душа человека, придавая им особый смысл, олицетворяя уважение и почитание всего того, что честно, справедливо и прекрасно в человеческой жизни. Это говорит о том, что издревле белый цвет - цвет чистоты считался у бурят почетным и сокровенным. В народных песнях достойным героя бывал белой масти конь.
Круг символизирует вечность, бесконечность. Человек строит свою жизнь по образцу и подобию природы. Вся его жизнь от рождения до самой кончины - это движение по кругу, "колесу жизни" (сансарын х?рдэ). Буряты часто используют символику круга - знака, обозначающего солнце, луну, небо.
Облака (Уулэн угалза) - "путь белых облаков" - символ духовного развития и совершенства.
Применённые в гербе цвета символизируют:
Малиновый цвет (пурпур) - символ власти, славы, почёта, благородства происхождения, величия.
зеленый цвет символизирует весну, здоровье, природу, надежду;
желтый цвет (золото) - символ солнечного света, высшей ценности, величия, богатства, урожая;
белый цвет (серебро) - символ чистоты и совершенства, мира, божественной мудрости и взаимопонимания.
Авторская группа:
идея флага и обоснование символики: Андрей Мунгалов (с.Баяндай);
геральдическая доработка: Константин Моченов (Химки);
художник и компьютерный дизайн: Анна Гарсия (Москва);

По материалам сайта Союза геральдистов России