Флаг муниципального образования "Бегуницкое сельское поселение" утвержден Решением Совета депутатов муниципального образования Бегуницкое сельское поселение № 30 от 15 февраля 2010 года. А затем без изменений - Решением Совета депутатов муниципального образования Бегуницкое сельское поселение № 48 от 3 июня 2010 года. Описание флага:

"Прямоугольное полотнище с отношением длины флага к длине 2:3, воспроизводящее композицию герба в красном, синем, желтом и белом цветах".

Флаг внесен в Государственный геральдический регистр РФ под № 6249.

Материалы геральдического архива В.Маркова cо ссылкой на информацию от К.Башкирова (г.Санкт-Петербург).