Флаг Бейского района утверждён решением Совета депутатов Бейского района от 22 октября 2012 года №69 и внесен в Государственный геральдический регистр РФ под № 8356. Официальное описание флага:

"Прямоугольное двухстороннее полотнище зеленого цвета с отношением ширины к длине 2:3, с вертикальными краями голубого цвета шириной 1/5 ширины полотнища. К нижнему краю полотнища поверх голубых краев примыкает пирамида черного цвета высотой 1/5 ширины полотнища, завершенная желтой полосой в 1/50 ширины полотнища, а между остриём пирамиды и верхним краем полотнища изображен желтый круг радиусом 1/3 ширины полотнища, на котором изображена черным и серым цветом скачущая лошадь".

Обоснование символики флага .
Скачущая лошадь (молодая кобылица) - символ сельского хозяйства и крестьянского труда, символ преодоления препятствий, символ связи прошлого и настоящего, символ готовности и к мирному труду и к военным действиям.
Желтый круг - аллегория солнца, символ тепла, света, энергии, символ вечности.
Черная пирамида - аллегория терриконов, образованных в ходе добычи угля. Пирамида символизирует ООО "Восточно-Бейский разрез" - градообразующее предприятие Бейского района.
Голубые края полотнища - символизируют реки Енисей и Абакан, в междуречье которых расположен Бейский район.
Зеленый цвет символизирует таежную часть Бейского района, а также весну, здоровье, природу, молодость и надежду.
Голубой цвет (лазурь) - символ возвышенных устремлений, искренности, преданности, возрождения.
Черный цвет символизирует благоразумие, мудрость, скромность, честность.
Желтый цвет (золото) - символ степной части Бейского района, символ урожая, богатства, стабильности, уважения.
Авторская группа:
Идея флага: Григорий Шушлебин (с. Бея), Константин Моченов (Химки).
Художник и компьютерный дизайн: Анна Гарсия (Москва).
Обоснование символики: Григорий Шушлебин (с. Бея), Вячеслав Мишин (Химки).

В первой версии описания флага в решении № 69 жёлтой окантовки у пирамиды не было, она была добавлена в ходе консультаций с Геральдическим советом.

Материалы cайта Союза геральдистов России

Решением Совета депутатов Бейского района от 2 декабря 2013 года №156 в решение о гербе от 22.10.2012 № 68 внесены изменения. Добавлен абзац в обосновании символики флага: "Желтая кайма (золотая) – символ степной части Бейского района, символ урожая, богатства, стабильности, уважения". Уточнены рисунки флага.