Флаг Бейсугского СП утверждён Решением Совета муниципального образования Бейсугского сельского поселения Выселковского района от 11 декабря 2008 года № 5 и внесён в Государственный геральдический регистр РФ под № 5090. Описание флага:

"Полотнище зелёного цвета с отношением ширины к длине 2:3, несущее вдоль верхнего края двухцветную полосу в 1/4 полотнища, орнаментированную в виде жёлтых силуэтов пяти церковных куполов на голубом фоне. На основной, зелёной части полотнища посередине расположены вертикальная полоса шириной в 1/15 ширины полотнища, составленная из перемежающихся трёх чёрных и двух белых участков одинакового размера, и перекрывающее эту полосу бело-желто-чёрное изображение весов с колосьями в одной чашке и монетами в другой, причём плечи весов заменяет казачья шашка".
Обоснование символики
Флаг языком символов и аллегорий отражает исторические, культурные и экономические особенности сельского поселения.
В состав поселения входят три населённых пункта.
Станица Новодонецкая аллегорически показана в виде синей полосы с золотыми куполами. Изображение куполов указывает на храм Пресвятой Богородицы, находящийся в станице.
Населённый пункт Бейсуг, с железнодорожной станцией Бурсак, основан на казачьих землях как посёлок купцов, торговавших хлебом, что аллегорически отображено изображением столба переменных чёрно-белых тинктур в сочетании с весами, изображёнными в виде золотых чаш, где белая шашка, без ножен, является плечами весов; в одной из чаш — золотые монеты, в другой — пшеничные колосья со стеблями положенные веером.
Изображение пшеничных колосьев символизирует плодородие, достаток.
Жёлтый цвет (золото) — символ величия, богатства и процветания, прочности.
Станица Александро-Невская аллегорически показана казачьей шашкой без ножен.
Зелёный цвет символизирует природу, сельское хозяйство, жизнь, возрождение, здоровье.
Синий цвет (лазурь) символизирует безупречность, добродетель, возвышенные устремления, волю, чистое небо, а также аллегорически указывает на реку Бейсуг, протекающую вдоль всего поселения.

Автор флага В. В. Нагаевский

Использованы материалы "ГЕРАЛЬДИКИ.РУ"