Флаг Бейсужекского сельского поселения утвержден решением Совета муниципального образования Бейсужекского сельского поселения Выселковского района №3 от 12 декабря 2008 года. Флаг внесён в Государственный геральдический регистр под № 4657. Описание флага:

"Полотнище жёлтого цвета с отношением ширины к длине 2:3, несущее посередине чёрное с белыми деталями изображение летящей ласточки и окаймлённое по периметру двойной полосой - снаружи жёлтой, внутри красной с равномерно расположенными изображениями четырнадцати жёлтых колосьев, шириной соответственно в 1/24 и 1/12 от ширины полотнища".

Обоснование символики:
Флаг разработан на основе герба, который языком символов и аллегорий отражает исторические, культурные и экономические особенности сельского поселения.
Жёлтый цвет полотнища символизирует величие, процветание, прочность, достаток.
Красная внутренняя кайма аллегорически указывает на мужество и героизм жителей поселения, отдавших свою жизнь за Родину.
Красный цвет символизирует труд, красоту, праздник.
Изображение ласточки символизирует любовь к малой родине, к матери, верность, возрождение. Положение ласточки летящей ввысь символизирует стремление к лучшему, к познанию неизведанного.
Изображения колосьев по периметру красной каймы символизирует основной вид экономического развития поселения - выращивание зерновых, указывает на богатые хлебные нивы поселения.
Авторская группа:
идея флага: Владимир Нагаевский (Тихорецк), Михаил Шарунов (Краснодар);
Изображение и обоснование символики: Владимир Нагаевский (Тихорецк).

Материлы предоставлены А.Данильченко (г.Майкоп)