Флаг района утверждён Решением Белозерского Комитета районного самоуправления от 12 октября 2001 года №168 "О флаге Белозерского муниципального района Вологодской области" и внесен в Государственный геральдический регистр Российской Федерации под №1386.

Флаг Белозерского муниципального района представляет собой полотнище с отношением ширины к длине 2:3, несущее изображение фигур и цветов полей герба района в упрощенной версии.

По материалам сервера Вологодской области

В 2022 году Белозерский муниципальный район был преобразован в Белозерский муниципальный округ. При этом как административно-территориальная единица Белозерский район сохранился.

Герб и флаг Белозерского муниципального округа утверждены Решением представительного собрания Белозерского МО от 17 ноября 2022 года № 68. Решения о гербе и флаге 2001 года были объявлены утратившими силу, приняты новые Положения о гербе и флаге. Но фактически герб и флаг 2001 года были сохранены.

Использованы материалы геральдического архива В. Маркова