Флаг МО "город Бердск" утверждён Решением Совета депутатов МО города Бердска от 26 февраля 2004 года № 161, тогда же утверждено Положение "О флаге муниципального образования города Бердска". Флаг внесён в Государственный геральдический регистр РФ под № 1987. Согласно тексту Положения о флаге:

"2. Описание и обоснование символики флага.
2.1. Описание флага.
Флаг муниципального образования город Бердск представляет собой прямоугольное полотнище, разделенное по диагонали на зеленое и белое поле выходящей из правого верхнего угла в левый нижний угол полотнища синей волнистой полосой, окаймленной сверху тонкой белой полосой и соединенной с выходящей из правого нижнего угла синей, диагональной, узкой волнистой полосой. Внизу флага, в треугольнике, образованном волнистыми полосами изображен черный острог с палисадом и одной двухъярусной башней с белыми закрытыми воротами.
Отношение ширины флага к его длине 2 : 3.
Многоцветный рисунок и схематическое изображение флага муниципального образования город Бердск помещены в приложениях 2, 3 к настоящему решению.
2.2. За основу флага взят герб города Бердска, утвержденный решением Совета депутатов муниципального образования города Бердска от 27.03.2003 № 47.
Символика флага, как и герба, основана на использовании традиционных для Сибири цветов: зеленого и белого.
Зеленый цвет символизирует тайгу, надежду, изобилие, здоровье и свободу. Белый цвет символизирует снег, чистоту, преданность и мудрость.
Широкая синяя волнистая полоса символизирует реку Обь, узкая полоса - реку Бердь, у слияния которых в 1716 году был заложен острог, изображение которого дается на флаге. Острог символизирует историческую преемственность, бережное отношение и сохранение жителями города из поколения в поколение своих традиций, культуры, обычаев.
2.3. Авторская группа:
авторы флага - Кужелев Г. В., Моржаков С. В., Смирнов В. Н.;
описание и обоснование символики флага - Кошелев А. В".

Материалы взяты с сайта администрации Бердска