Флаг района утвержден решением Совета муниципального района Благоварский район Республики Башкортостан от 11 июля 2006 года № 11, внесен в Государственный регистр символики в Республике Башкортостан с присвоением регистрационного № 014 и в Государственный геральдический реестр Российской Федерации с присвоением регистрационного № 2960. Автор - Талгат Масалимов. Первоначально флаг состоял из трех горизонтальных полос, зелёной, белой и зелёной, с изображением в центре голубого круга с жаворонком в середине. Но в ходе консультаций с экспертами Геральдического совета флаг был изменён. Описание флага:

"Прямоугольное полотнище с соотношением ширины к длине 2:3, состоящее из пяти вертикальных полос зеленого, белого, зеленого, белого и зеленого цвета (ширина крайних зеленых полос по 1/4 длины полотнища, белых полос по 1/10 длины полотнища); в центре средней полосы головка хлебного колоса желтого цвета, поверх остьев которой шар синего цвета, обремененный взлетающим жаворонком желтого цвета".

"Зеленое поле герба (и флага) – символ изобилия и плодородия, олицетворяет красоту земли, весеннее пробуждение природы, ликование и торжество жизни, мир и покой. В центре – стилизованный хлебный колос. Хлеб всегда был не только основой экономики района, но и мерилом человеческого достоинства, моральных и нравственных качеств людей, их высочайшего хлеборобского мастерства и трудолюбия. Это главное богатство земли благоварской, главная забота и основа благополучия ее жителей. Здесь, на этой земле, живут потомки минских племен башкир, предводитель которых Канзафар;бий был инициатором добровольного вхождения Башкирии в состав Российского государства. Зерна в золотом колосе герба – это символ единения благоварцев в их стремлении к добру и свету, к процветанию родной земли. Поющий жаворонок – одна из самых любимых народом птиц. Прилет жаворонков знаменует приход весны, яркое и теплое свечение солнца, пробуждение земли, начало самого главного для крестьянина периода весенне;полевых работ. Символично, что жаворонок до восхода солнца просыпается и летает над полями и лугами до заката солнца. И его звонкая трель радует сердца тех, кто от зари до темна трудится на родной земле. Хлебный колос в изображении герба окаймляют две полосы серебряного цвета – цвета чистой воды, отображающего веру, добродетель и благородство, чистоту помыслов. Одновременно это символическое изображение двух рек района – Чермасана и Кармасана".

Материалы книги "Башкоротостан. Государственные символы и символика городов и районов", Уфа, 2007 г.