Благовещенский район образован в 1937 году (упразднялся в 1963-66 гг.). В 2022 году Благовещенский (муниципальный) район упразднен, образован Благовещенский муниципальный округ.

Постановлением Главы Благовещенского района от 28 мая 2009 года №647 был объявлен конкурс по разработке проектов герба и флага Благовещенского района, итоги которого должны были быть подведены до 9 июля 2009 года.

Флаг Благовещенского района утвержден Решением Благовещенского районного Совета народных депутатов Амурской области (четвертый созыв) от 28 сентября 2009 г. №158 "О гербе и флаге Благовещенского района" (принято Благовещенским районным Советом народных депутатов 25 сентября 2009). Согласно тексту этого решения геральдическое описание флага звучит следующим образом:

"Флаг Благовещенского района представляет собой прямоугольное полотнище, состоящее "из двух горизонтальных полос лазоревого (синего) и зеленого цвета (в соотношении 1/3) разделенных волнообразным белым поясом. Длина полотнища относится к его ширине как 3:2".

По материалам справочной правовой системы "Гарант"

Решением Благовещенского районного Совета народных депутатов Амурской области от 16 декабря 2009 г. № 186 "О гербе и флаге Благовещенского района" было установлено новое описание флага Благовещенского района (а решение от 28.9.2009 г признано утратившим силу):

"Прямоугольное полотнище с отношением ширины к длине 2:3, воспроизводящее композицию герба Благовещенского района в зелёном, синем, белом и жёлтом цветах".

По материалам справочной правовой системы "Гарант"

В тот же день Решением Благовещенского районного Совета народных депутатов от 16.12.2009 года № 187 утверждены Положения о гербе и флаге Благовещенского района.

Флаг района внесен в Государственный геральдический регистр РФ под № 5897.

Решением Благовещенского районного Совета народных депутатов от 10 октября 2011 года № 334 в решение о гербе и флаге от 16.12.2009 г. внесены некоторые изменения.

После преобразования Благовещенского района в муниципальный округ (2022) Решением Совета народных депутатов Благовещенского муниципального округа от 7 октября 2022 года № 11 официальные символы муниципального образования «Благовещенский район Амурской области» были переданы муниципальному образованию «Благовещенский муниципальный округ Амурской области».

По материалам геральдического архива В. Маркова