Флаг Благовещенского района утвержден решением Совета муниципального района Благовещенский район Республики Башкортостан от 13 июля 2006 года № 144. Флаг внесён в Государственный геральдический регистр Российской Федерации под №2949, а также - в Государственный регистр символики в Республике Башкортостан под №043. Автор флага - Салават Гилязетдинов. Описание флага:

"Прямоугольное полотнище голубого цвета с соотношением ширины к длине 2:3 внизу которого горизонтальная полоса белого цвета шириной 1/10 ширины полотнища, отстоящая от нижнего края полотнища на 1/10 ширины полотнища; в середине - летящий к древку голубь белого цвета, держащий в клюве изогнутую к древку оливковую ветвь желтого цвета с листьями зеленого цвета".

Обоснование символики герба района:

"Композиция герба отражает название района, его исторические, географические и экономические особенности.
История города Благовещенска и Благовещенского района связана с основанием в 1756 году в ходе разработок месторождений руд Южного Урала медеплавильной фабрики. При строительстве на правом берегу реки Белой медеплавильной фабрики в день христианского праздника Благовещения была заложена одноименная церковь, что и определило впоследствии название поселка Благовещенский, позднее ставшего городом Благовещенском. В ходе развития этого поселка, входившего в состав Уфимского уезда, в 1930 году произошло отделение района с образованием Благовещенского района.
В связи с этим центральным элементом герба является голубь, держащий в золотом клюве оливковую ветвь с зелеными листьями. Он не только отражает историческое прошлое края, но и является символом благой вести, мира и процветания.
Золотое мельничное колесо символизирует сельское хозяйство, которое является одной из ведущих отраслей экономики района. В то же время, мельничное колесо - это жизнеутверждающий символ, олицетворяющий связь поколений, богатство края и его дальнейшее развитие.
По территории Благовещенского района протекают две главные водные артерии Башкортостана - реки Белая и Уфа. Серебряные волны в оконечности герба, символизируя эти реки и их прозрачные воды, одновременно являются символом благородства, откровенности, чистоты и веры.
Лазоревый цвет повторяет один из цветов Государственного флага Республики Башкортостан и выбран в качестве основного цвета поля герба района в знак территориальной принадлежности района к республике и символизирует ясность, добродетель и чистоту помыслов.
Серебро - символизирует благую весть дня Благовещения, рождение нового, чистого и благородного.
Золото - это символ богатства, ценности, прочности и, в дополнение к серебряному цвету, символ веры.

Материалы сайта Курултая Республики Башкортостан. Текст документа от В. Маркова

На сайте Госсовета Республики Башкортостан флаг изображен с горизонтальной полосой... Хотя в государственный регистр вроде бы внесен флаг с вертикальной белой полоской вдоль свободной кромки...

Материалы геральдического архива В. Маркова

Флаг города Благовещенска утверждён решением Совета городского поселения город Благовещенск Республики Башкортостан от 8 сентября 2006 года № 79. Автор флага - Салават Гилязетдинов. Флаг внесен в Государственный геральдический регистр Российской Федерации под № 2970, а также в в Государственный регистр символики в Республике Башкортостан под № 044. Описание флага:

"Прямоугольное синее полотнище с соотношением ширины к длине 2:3, в центре которого летящий к древку голубь белого цвета, держащий в клюве желтого цвета оливковую ветвь желтого цвета с листьями зеленого цвета".

Символика флага повторяет символику герба, поэтому целесообразно привести здесь обоснование символики герба города Благовещенска:

История города Благовещенска связана с основанием и строительством в 1756 году медеплавильной фабрики. В этом же году в день христианского праздника Благовещения была заложена одноименная церковь, что и определило впоследствии название поселка, позднее ставшего городом Благовещенском. Эти исторические события легли в основу создания герба.Центральным элементом герба является голубь, держащий в золотом клюве оливковую ветвь с зелеными листьями – символ благой вести, мира и процветания. Лазоревый цвет повторяет синий цвет Государственного флага Республики Башкортостан и выбран в качестве цвета поля герба в знак территориальной принадлежности к республике, символизирует ясность, добродетель и чистоту помыслов. Кроме того, и центральный элемент герба города – голубь, и лазоревый цвет поля герба повторяют мотивы герба Благовещенского района, на территории которого расположен город Благовещенск. Серебро символизирует благую весть дня Благовещения, рождение нового, чистого и благородного. Золото – это символ богатства, ценности, прочности и процветания.

Материалы сайта Курултая Республики Башкортостан

По данным В. Маркова флаг утверждён Решением Совета ГП Благовещенск № 101 от 30 ноября 2006 года. И именно этот вариант внесен в регистр.