Флаг города Богородицка и Богородицкого района утверждён Решением Думы города Богородицка и Богородицкого района № 9-82 от 24 июня 2002 года и "представляет собой прямоугольное зеленое полотнище с соотношением ширины к длине 2:3, с белой полосой вдоль древка, составляющей 2/5 флага и несущей изображение фигур из герба муниципального образования Богородицкий район.
Обоснование символики Флага муниципального образования Богородицкий район. Главными фигурами Флага являются ветви травы богородицкой (или тимьян, чабрец) (osmundo regales), широко применяющейся в современной медицине, парфюмерии и пищевой промышленности. Белый цвет (серебро) в геральдике символ веры, чистоты, искренности, чистосердечности, благородства, откровенности и невинности. Зеленый цвет в геральдике символизирует достаток, процветание, стабильность".

Использовано изображение флага на сайте Богородицкого района (спасибо В.Попоски)

В декабре 2002 года флаг Богородицка и Богородицкого района внесён в Государственный геральдический регистр РФ под № 1060.

Решением Собрания депутатов муниципального образования город Богородицк Богородицкого района от 27 августа 2009 г. № 7-36 "Об утверждении Положения "О флаге муниципального образования город Богородицк Богородицкого района" было определено, что флаг бывшего МО "город Богородицк и Богородицкий район" считается флагом МО "город Богородицк". Тогда же утверждены рисунок и Положение о флаге: Согласно тексту Положения:

"3.1. Описание флага города Богородицка:
"Прямоугольное зеленое полотнище с соотношением ширины к длине 2:3, с белой полосой вдоль древка, составляющей 2/5 флага и на полосе изображение девяти зеленых ветвей Богородицкой травы из герба города Богородицка".
3.2. Обоснование символики флага города Богородицка.
Флаг разработан с учетом герба города Богородицка, за основу которого взят исторический герб уездного города Богородицка Тульского наместничества, утвержденный 08 марта 1778 года (по старому стилю). Подлинное описание исторического герба гласит: "В серебряном поле разметанные девять ветвей травы, называемой Богородицкая, для показания имени сего города".
Использование композиции исторического герба города Богородицка показывает внимательное и заботливое отношение местных жителей к своим традициям, истории и культуре.
Богородицкая трава - одно из популярных растений с древних пор использовавшееся в народной медицине, а также в обрядовой культуре русского народа. Распространенная в окрестностях города и перекликающая по названию Богородицкая трава в XVIII столетии была помещена на герб, указывая на название города.
Белый цвет (серебро) - символ чистоты, искренности, совершенства, благородства, мира и взаимопонимания.
Зеленый цвет - символ природы, здоровья, процветания, стабильности, молодости, жизненного роста и энергии.

3.3.Авторская группа:
идея герба - Константин Моченое (Химки), Владимир Гайдуков (Богородицк), Наталья Анзонова (Богородицк);
художник и компьютерный дизайн - Сергей Исаев (Москва), Юрий Коржик (Воронеж), Оксана Афанасьева (Москва);
обоснование символики - Кирилл Переходенко (Конаково).

Материалы справочной правовой системы "Гарант"

В декабре 2009 года флаг города Богородицка перерегистрирован в Государственном геральдическом регистре РФ под тем же № 1060.