Существовало Решение Боготольского городского Совета от 26 декабря 2005 года № 8-156 "О гербе, флаге города Боготола". Какой флаг был там описан, пока не ясно.

Флаг Боготола утвержден решением Боготольского городского Совета от 3 июля 2008 года №14-367 и внесен в Государственный геральдический регистр Российской Федерации под №4236. Описание флага:

"Прямоугольное красное полотнище с отношением ширины к длине 2:3, несущее вдоль нижнего края зеленую полосу в 2/9 ширины полотнища и воспроизводящее фигуры герба: единорога и колесо, выполненные белым и желтым цветами".

Обоснование символики флага города Боготола.
Флаг города разработан на основе герба.
Становление и развитие Боготола во многом связано с Московско-Сибирским трактом, а также с Сибирской железнодорожной магистралью. Старый Боготол был крупным притрактовым селом. Удачное расположение позволило селу со временем стать значимым торговым центром округа, а при строительстве в 1890-х годах железной дороги, в Боготоле была образована железнодорожная станция.
Современный город Боготол - один крупных железнодорожных узлов Красноярского края здесь расположены многочисленные службы железной дороги: локомотивное депо, вагонное депо, дистанция пути, дистанция связи, участок энергоснабжения.
Боготол - молодой, динамично развивающийся город (статус города он приобрёл в 1911 году). Девизом местных жителей стала фраза: "Боготольцы верят в будущее развитие города и России".
Фигуры флага отражают особенности города:
- Единорог - исторический символ, использовавшийся еще на печать Красноярского острога в 1644 году, подчеркивает особую роль Боготола в жизни Красноярского края. Единорог опирающийся на колесо символизирует важность боготольского транспортного узла для экономики всего края.
- Единорог - традиционный символ силы и непобедимости, процветания, благоденствия, животворной энергии.
- Колесо - символ движения вперед, развития, неутомимости, в гербе города также символизирует транспортный узел.
Жёлтый цвет (золото) - символ уважения, интеллекта, богатства, стабильности.
Белый цвет (серебро) - символ чистоты, совершенства, мира и взаимопонимания.
Красный цвет - символ мужества, силы, труда, красоты.
Зелёный цвет - символ природы, здоровья, жизненного роста; в гербе города подчёркивает плодородие боготольской земли.
Авторская группа:
идея флага: Константин Мочёнов (Химки), Олег Милусь (Москва);
художник и компьютерный дизайн: Оксана Фефелова (Балашиха), Галина Русанова (Москва);
обоснование символики: Кирилл Переходенко (Конаково).

По материалам сайта Союза геральдистов России