Флаг утверждён Решением Болотнинского городского Собрания депутатов Новосибирской области от 10 июля 2003 года № 14 "О флаге муниципального образования "город Болотное" и внесён в Государственный геральдический регистр РФ под № 1986. Согласно тексту Положения о флаге:

"Флаг муниципального образования "город Болотное" представляет собой прямоугольное полотнище, состоящее из трёх вертикальных полос синего, белого и синего цветов.
Отношение ширины полос к длине флага определяется как 2:3:2. Отношение ширины флага к его длине 2:3.
В центре белой полосы изображены главные фигуры герба муниципального образования „город Болотное“ — стальная подкова, наложенная на две стилизованные стрелы. Левая синяя стрела обращена остриём вверх, правая красная стрела обращена остриём вниз».
Обоснование символики
Подкова и две разнонаправленные стрелы символизируют историю возникновения и современное состояние города Болотное.
Болотное возникло как ямщицкая стоянка на Московско-Иркутском тракте. В 1896 году через Болотное прошла Транссибирская железнодорожная магистраль. В 1943 году рабочий посёлок Болотное был преобразован в город районного подчинения. На сегодняшний день в экономической деятельности преобладают транспортно-распределительные функции. Город является крупной железнодорожной станцией. Кроме железной дороги рядом с городом проходит автомобильная дорога федерального значения «Байкал».
Белый цвет — символ чистоты, преданности, веры, а также олицетворяет природные условия Сибири, суровую, долгую зиму.
Красный и синий цвет стрел на белом поле подчёркивает важное, стратегическое, федеральное значение данных транспортных магистралей. Стрелы символизируют движение, развитие, желание жителей города не останавливаться на достигнутом, преодоление преград.
Подкова традиционно символизирует стремление жителей города к счастью, благополучию, процветанию.
Синий цвет говорит о названии города Болотное, получившего его от протекающей через город небольшой речки Болотной.

Рисунок прислан Й.Паттке (J.Pattke, ФРГ). Материалы сайта СГК