До 2023 года существовало муниципальное образование Бондарский район.

Флаг Бондарского района утверждён Решением Бондарского районного Совета народных депутатов от 24 сентября 2010 года №120 "О флаге муниципального образования Бондарский район Тамбовской области" Описание флага согласно тексту Положения о флаге:

"2.1. Описание флага Бондарского района:
"Прямоугольное голубое полотнище с отношением ширины к длине 2:3, несущее вдоль нижнего края М-образную красную полосу шириной по краям 1/4 ширины полотнища, а в середине – 1/5 ширины полотнища, в середине полотнища (поверх голубого и красного) воспроизводятся фигуры из герба района: желтая кадка с обручем наверху и двумя сплетенными колосьями внизу, наполненная желтым снопом".
2.2. Обоснование символики флага Бондарского района.
Административный центр Бондарского района – село Бондари основано в XVII веке беглыми крестьянами. Жители занимались земледелием и различными ремеслами, в том числе бондарными (изготовление кадушек, бочек, кубелей и ушатов).
На флаге Бондарского района изображена кадка (род бочки) – символ бондарного ремесла, аллегорически указывая на название района и символизируя связь с прошлым.
В настоящее время основой производственно-экономического потенциала района является сельскохозяйственное производство и предприятия по переработке сельскохозяйственной продукции, что на флаге района символически представлено снопом. Сноп – символ единения, силы, коллективизма. Обруч внизу бочки в виде сплетенных колосьев символизирует сельскохозяйственную направленность современного производства района.
Голубой цвет (лазурь) также символ возвышенных устремлений, искренности, преданности, возрождения.
Белый цвет (серебро) – символ чистоты, открытости, божественной мудрости, примирения.
Желтый цвет (золото) – символ высшей ценности, величия, богатства, урожая.
Красный цвет (червлень) – символ труда, мужества, жизнеутверждающей силы, красоты и праздника.
2.3. Авторская группа:
идея флага: Константин Моченов (Химки), Сергей Янов (Малаховка), Ирина Соколова (Москва);
художник и компьютерный дизайн: Ирина Соколова (Москва);
обоснование символики: Вячеслав Мишин (Химки)".

По материалам сайта TAMBOV.GOV.RU

Флаг района внесен в Государственный геральдический регистр РФ под № 6527.

В мае 2023 года МО "Бондарский район" преобразовано в Бондарский муниципальный округ, при этом все поселения в составе района утратили муниципальный статус.