На территории поселения расположены станица Бородинская и хутор Морозовский.

Флаг Бородинского сельского поселения утвержден решением Совета Бородинского сельского поселения от 3 февраля 2012 года № 160 и внесен в Государственный геральдический регистр РФ под № 7580.

"Прямоугольное двухстороннее полотнище красного цвета с отношением ширины к длине 2:3, нижний волнистый край которого белого цвета с внутренней волнистой полосой голубого цвета (максимальная ширина белой части - 3/10 ширины полотнища, минимальная ширина - 1/9 ширины полотнища, ширина голубой полосы - 1/30 ширины полотнища). В центре полотнища - желтый кивер времен Отечественной войны 1812 года с султаном и этишкетом из герба Бородинского сельского поселения Приморско-Ахтарского района".

Обоснование символики флага Бородинского сельского поселения.
Станица Ново-Марьянская (до того хутор Марьянский) образовалась в 1891 году. К станице примыкало ещё 7 хуторов и посёлков. Через двадцать лет после приезда в нее переселенцев с Украины количество дворов увеличилось почти втрое. В 1912 году в честь столетия Бородинского сражения название станицы изменили на "Бородинская". Земли поселения омываются водами Азовского моря, а на территории поселения расположены многочисленные лиманы (с севера поселения расположен Бейсугский лиман), плавни и пр. Это нашло отражение в гербе сельского поселения.
Офицерский кивер времен Бородинского сражения - символ названия поселения и его административного центра, символ связи прошлого с настоящим.
Серебряно-лазоревая волнистая оконечность - символ многочисленных водных объектов расположенных на территории сельского поселения.
Красный цвет - символ мужества, труда, жизнеутверждающей силы, красоты и праздника.
Белый цвет (серебро) - символ чистоты, открытости, божественной мудрости, примирения.
Голубой цвет (лазурь) - символ возвышенных устремлений, искренности, преданности, возрождения.
Желтый цвет (золото) - символ высшей ценности, величия, богатства, урожая.
Авторская группа:
идея флага: Константин Мочёнов (Химки), Анатолий Раков (Краснодар);
художник и компьютерный дизайн: Ирина Соколова (Москва);
обоснование символики: Вячеслав Мишин (Химки).

Источники - официальный сайт Бородинского СП и cайт Союза геральдистов России