Флаг Ботовского СП утвержден решением Совета сельского поселения «Ботовское» от 08 ноября 2022 года №94 и внесен в Государственный геральдический регистр Российской Федерации под № 14107.

Описание флага сельского поселения «Ботовское» гласит:
«Прямоугольное белое полотнище с отношением ширины к длине 2:3, воспроизводящее фигуры из герба сельского поселения «Ботовское», выполненные синим, черным, белым, зеленым и малиновым цветами. Обратная сторона полотнища зеркально воспроизводит лицевую»

Обоснование символики флага сельского поселения «Ботовское».
Флаг сельского поселения «Ботовское» составлен на основе герба сельского поселения «Ботовское» и повторяет его символику.
Административным центром сельского поселения «Ботовское» является село Большие Боты, расположенное в восточной части Сретенского района в 58 км от Сретенска на левом берегу реки Шилки. В состав сельского поселения и в его границы входят села Мангидай, Аргун и Чалбучи, а также населенный пункт дом отдыха «Чалбучи». Села, в том числе Большие Боты являются одними из старинных поселений Забайкалья. Село Боты возникло в результате геополитических событий, происходящих в Даурии в конце XVII – первой четверти XVIII столетия. В частности, когда после заключения Нерчинского договора 1689 года между Россией и Цинской империей приграничные реки Шилка и Аргунь начали активно заселяться первыми русскими жителями. Село активно развивалось. Со второй половины XIX века оно вошло в состав казачьей станицы Куларской. В первые годы Советской власти на этих землях возникли коммуны и коллективные хозяйства. В настоящее время наряду со многими личными подсобными хозяйствами в сельском поселении сохранена и коллективная форма ведения хозяйства.
О начальной истории современного сельского поселения во флаге говорит серебряная лодка (бот). Село Боты в прошлом носило и второе название «Плотниково», поскольку основной состав его жителей состоял из мастеров-плотников, сооружавших из соснового леса, произрастающего по берегам реки, столь необходимые в быту и на водном пути на восток России небольшие речные суда. По всей Сибири от северных морских путей до южных границ Китая в старину эти гребные и парусные лодки назывались ботами (ботиками). Бот предназначался для транспортировки рыболовного и охотничьего промысла, то есть для того, чем занимались жители поселения во все времена. Изображение бота делает символику «гласной», отражая название сельского поселения – Ботовское.
Синяя (лазоревая) оконечность, на которой расположен бот, символизирует богатейшие водные ресурсы местности – промысловую и судоходную реку Шилку с её притоками.
Зеленые ветки багульника с распустившимися цветками символически отражают сохраненные лесные массивы территории, включая сосновый бор Чалбучи, редкий кедр и кедровый стланик, и всё биологическое разнообразие природы территории. Количество цветков на каждой ветке аллегорически показывают пять населенных пунктов, входящих в состав сельского поселения «Ботовское». Цветы багульника – символ одного из красивейших ландшафтов России.
Медведь, сидящий между веток багульника, - символ богатого животного мира окрестностей сельского поселения «Ботовское».
Символика поселения вписана в его исторический контекст, показывая бережное отношение населения к своему прошлому и природным ресурсам, верность историческим традициям и сохранению преемственности многих поколений.
Примененные во флаге цвета дополняют его символику:
- белый цвет (серебро) – символ чистоты, открытости, божественной мудрости, примирения;
- синий (лазоревый) цвет – символ ясного неба и рек, представляет высоту и глубину, постоянство и преданность, правосудие и совершенство;
- зеленый цвет – это цвет природы, означает плодородие полей и символизирует жизнь, здоровье, надежду, возрождение;
- черный цвет – символ мудрости, покоя;
- малиновый (пурпурный) цвет – символ уважения и древнего происхождения.
Авторская группа:
идея флага: Администрация сельского поселения «Ботовское», Надежда Судакова (с.Большие Боты);
геральдическая доработка: Константин Моченов (Химки);
художник и компьютерный дизайн: Анна Гарсия (Москва);
обоснование символики: Ирина Куренная (Чита).

По информации К. Моченова