Флаг Брахловского СП утвержден Решением Брахловского сельского совета народных депутатов от 5 октября 2023 года № 4-208. Флаг внесен в Государственный геральдический регистр РФ под № 14542. Описание флага:

"Прямоугольное полотнище белого цвета с отношением ширины к длине 2:3, на котором изображены две зеленые с серебряными стволами и ветвями березы по сторонам, растущие на двух зеленых холмах в оконечности, перед которыми еще один такой же холм; между берез внизу – красная пятиконечная звезда, а над ней – пламенеющее солнце с желтым диском (без изображения лица) и с красными лучами".
Оборотная сторона флага является зеркальным отображением его лицевой стороны".

Флаг составлен на основе герба муниципального образования и повторяет его символику. Поэтому для справки приведем обоснование символики герба:

"...Две березы символизируют как природные особенности территории, так и два самых крупных и древних села, расположенные на территории муниципального образования – Брахлов и Любечане.
Первое упоминание о селе Брахлов относится к XVII веку. По легенде, в 1612 году, в ходе продолжавшейся войны с Польшей, стародубский воевода отдал это, тогда еще небольшое селение, полковнику Барахлову. Полковник отличился ратными подвигами в боях под предводительством Дмитрия Пожарского против польских захватчиков. В дальнейшем имение стало называться «Брахлов». В 1656 году гетман Богдан Хмельницкий пожаловал село братьям Михаилу и Илье Рубцам за заслуги в Малороссийском войске. В середине XVIII века имение Брахлов досталось Ивану Семеновичу Лашкевичу. Сын Ивана Лашкевича, Степан Иванович, в 1751 году поступил в генеральскую войсковую канцелярию гетманства. Он состоял на службе в штабе последнего гетмана К.Г. Разумовского. На склоне лет вышел в отставку и, поселившись в Брахлове, занялся сельским хозяйством. Так у него в Брахлове появилась мельница «о двух поставах», сад, трепальный двор и винокурни.
Еще одно село в составе муниципального образования – село Любечане – впервые упоминается в 1620 году как «Ляхова пустошь» и с 1688 г. – селище «Ляховы Любечане». Село также принадлежало Рубцам и Лашкевичам. Близ села расположены курганные могильники древнерусского времени, которые в гербе символизируют холмы.
В селе Брахлов родился и долгое время жил Александр Степанович Лашкевич – историк литературы, издатель, литератор, редактор журнала «Киевская Старина». Один из уроженцев села – Ковалев Николай Васильевич, генерал-лейтенант бронетанковых войск, был начальником штаба Вооруженных сил сухопутных войск.
Особым периодом в истории всего сельского поселения были годы Великой Отечественной войны. Брахловцы, не желая мириться с оккупацией своей земли, массово уходили в партизанские отряды. Более 156 жителей села отдали свою жизнь в боях с врагом. Славные традиции защиты своей земли продолжает и нынешнее поколение.
Красная пятиконечная звезда в гербе символизирует ратные подвиги местных жителей на протяжении многих веков. А солнце выступает символом мирной жизни, добра и света, трудолюбия, великодушия и гостеприимства.
Применённые в гербе цвета в геральдике обозначают:
– Зеленый цвет (зелень) – символ весны, радости, надежды, жизни, здоровья, изобилия, природы, а также символ лесов.
– Красный цвет (червлень) – символ труда, мужества, жизнеутверждающей силы и энергии, красоты и праздника.
– Белый цвет (серебро) – символ совершенства, чистоты, благородства и веры.
– Желтый цвет (золото) символизирует богатство, справедливость, стабильность, великодушие.

По информации И. Афонасенко