Флаг Брюховецкого района и Положение о нём утверждены решением Совета муниципального образования "Брюховецкий район" от 16 ноября 2006 года № 168. Флаг внесён в Государственный геральдический регистр РФ под № 2744. Согласно тексту Положения о флаге:

"3. Описание и обоснование символики флага муниципального образования Брюховецкий район
3.1.Описание флага муниципального образования Брюховецкого района:
«Флаг Брюховецкого района представляет собой прямоугольное полотнище с отношением ширины к длине 2:3, разделенное по горизонтали малиновым и зеленым цветами и с размещением фигуры герба района по центру флага и выполненные белым, желтым, оранжево-желтым и золотым цветами».
3.2. Обоснование символики флага муниципального образования Брюховецкий район.
Флаг муниципального образования Брюховецкий район создан на основе герба муниципального образования Брюховецкий район.
Брюховецкий район, образованный в 1966 году, сохранил одноименное название районного центра – станицы Брюховецкой.
Сама станица выросла из Брюховецкого куреня. Это один из 38 бывших запорожских куреней, прибывших на Кубань в 1792-1793 гг. в составе Черноморского Казачьего войска.
В гербе языком символов и аллегорий отражен эпизод из истории, как станицы, так и всего Кубанского казачьего войска. Это история сохранения Войсковых казачьих регалий казаками Брюховецкого куреня в 1918 году.
Все элементы герба символически показывают основные (главные) спасенные символы власти Кубанского казачьего воиска.
Белый развернутый свиток – аллегорически показывает жалованную грамоту черноморцам на владение кубанскими землями подписанную императрицей Екатериной II (Великой).
Булава, пернач и насека – главные войсковые символы казачьей власти.
Малиновый цвет символизирует достоинство, славу, величие, героизм земляком, также это цвет запорожского, затем черноморского и теперь кубанского казачества.
Зелёный цвет является символом жизни, здоровья, плодородия, спокойствия, вечного обновления, а также говорит и об уникальной природе района.
3.3. Авторская группа
идея флага: Константин Мочёнов (г.Химки), Михаил Шарунов (г.Краснодар),
Обоснование символики: Михаил Шарунов (г.Краснодар),
Кирилл Переходенко (г.Конаково),
Художник и компьютерный дизайн: Галина Русанова (г.Москва)"

Материалы книги К.Моченова, Ю.Коржика и А.Ракова "Официальные символы Краснодарского края и муниципальных образований"