Флаг Брюховецкого СП утвержден решением № 249 Совета Брюховецкого сельского поселения Брюховецкого района от 28 сентября 2012 года и внесен в Государственный геральдический регистр РФ под № 8539. Сначала цветовые поля были разделены белой диагональю, а фигуры были разнесены по разным частям полотнища, но после консультаций с Геральдическим советом был принят приведенный здесь вариант. Согласно тексту Положения о флаге:

Описание флага:
"Прямоугольное полотнище с отношением ширины к длине 2:3, воспроизводящее композицию герба Брюховецкого сельского поселения Брюховецкого района в малиновом, зеленом и жёлтом цветах".

Обоснование символики герба и флага.
Герб и флаг языком символов и аллегорий отражают исторические, культурные и экономические особенности сельского поселения.
Станица Брюховецкая (первоначально курень Брюховецкий) – один из 38 прибывших на Кубань в 1792-1793 годах, бывших запорожских куреней, на что указывает пурпурный (малиновый) цвет, являющийся определяющим цветом черноморских (запорожских) казаков - основателей поселения. Этот цвет также символизирует цветущую землю, верность, скромность и набожность.
Зелёный цвет символизирует природу, весну, возрождение, здоровье и жизнь всего сущего, а также этот цвет аллегорически указывает на сельское хозяйство – являющееся основой экономического развития поселения.
Булава и пернач - символы атаманской и гетманской власти, указывают на то, что первоначально курень, ещё в Запорожье, а затем при переселении на Кубань курень (станица) получили своё наименование в честь видного казачьего деятеля Украины Ивана Мартыновича Брюховецого - кошевого атамана затем и гетмана.
Изображение золотых насеки, булавы и пернача также аллегорически указывает на сохранённые в 1918 году, во время гражданской войны, казаками станицы Брюховецкой реликвии Кубанского казачьего войска.
Пшеничные колоски, сложенные в уширенный крест также напоминают о том, что большинство жителей станицы Брюховецкой являются потомками черноморских (запорожских) казаков. Пшеничные колоски говорят и о аграрной составляющей поселения связанной в основном с выращивание и переработкой зерновых. Количество пшеничных колосков аллегорически говорит о том, в состав поселения кроме станицы Брюховецкой входит ещё 12 населённых пунктов.
Золото – символ величия, достатка, хлеба, процветания и прочности.
Автор герба, изображение и обоснование символики: В. Нагаевский (Тихорецк).

Материалы предоставлены М.Шаруновым