Флаг Чамлыкского сельского поселения утвержден решением Совета муниципального образования Чамлыкского сельского поселения Лабинского района № 70 от 14 июня 2007 года, описание флага изменено решением Совета муниципального образования Чамлыкского сельского поселения Лабинского района № 115 от 21 мая 2008 года. Флаг внесён в Государственный геральдический регистр под № 3547. Описание флага:

"Прямоугольное полотнище с отношением ширины к длине 2:3, состоящее из четырех горизонтальных полос, соотносящихся как 3:1:2:18, сверху вниз: синего, белого, зеленого и желтого цветов; на желтой полосе - диагональная (сверху у древка вниз против древка) выщербленная полоса синего цвета; в углах желтой полосы: у древка - сторожевая казачья вышка красного цвета, против древка - три звезды синего цвета о восьми лучах каждая: две одна под другой у свободного края, одна ближе к древку по горизонтальной линии с верхней из первых двух. Размер красной сторожевой казачьей вышки составляет 7/12 ширины полотнища, а размер каждой из трёх звёзд составляет 1/4 ширины полотнища".

Обоснование символики:
Герб и флаг языком символов и аллегорий отражают исторические, культурные и экономические особенности сельского поселения.
Станица Чамлыкская начала свое существование в годы Кавказкой войны, в 1841 году на новой, Лабинской Линии. Связанная многими постами и пикетами станица явилась надежным прикрытием от нападения горцев, что символически отображено казачьей сторожевой вышкой.
Две зелёные, заснеженные серебром, остроконечные вершины гор указывают на горные вершины Кавказа у подножия, которого расположено поселение.
Лазоревая (синяя, голубая) выщербленная перевязь аллегорически указывает на реку Чамлык, на берегах которой расположены земли поселения, "ершистость" перевязи также аллегорически указывает на название реки, которое в переводе с тюркского и ногайского языка переводится как бурная, сердитая, резкая, колючая.
Лазоревый (синий, голубой) - это цвет линейных казаков, каковыми первоначально являлись чамлыковцы до объединения с черноморцами в единое Кубанское казачье войско.
Три лазоревых восьмиконечных звёзды являются символом Богородицы, в честь которой в станице всем миром был построен храм в честь Покрова Пресвятой Богородицы.
Авторская группа:
идея флага: Владимир Нагаевский (Тихорецк), Михаил Шарунов (Краснодар);
Изображение и обоснование символики: Владимир Нагаевский (Тихорецк).

Материлы предоставлены А.Данильченко (г.Майкоп)