На сайте района изображался такой флаг Чекмагушевского района - полотнище из синей (широкой) и белой (узкой) горизонтальных полос. Вверху у древка изображён белый жаворонок. Именно в таком виде флаг утвержден 28.06.2006 г., но не получил поддержки Геральдического Совета при президенте. В "рабочем порядке" был предложен другой флаг (решения совета депутатов при этом не обновлялось).

По материалам сайта районной администрации

Флаг Чекмагушевского района утвержден решением Совета муниципального района Чекмагушевский район Республики Башкортостан от 28 июня 2006 года № 91. Флаг внесён в Государственный геральдический регистр Российской Федерации под № 3233, а также - в Государственный регистр символики в Республике Башкортостан под №062. Автор - Салават Гилязетдинов. Описание флага:

"Прямоугольное полотнище синего цвета с соотношением ширины к длине 2:3, воспроизводящее композицию герба Чекмагушевского района в синем, белом и желтом цветах".

Символика флага совпадает с символикой герба, поэтому приводим обоснование символики герба Чекмагушевского района:

В основе герба идея прославления земледельца. Прекрасная природа края издавна привлекала людей на чекмагушевскую землю, которые, как свидетельствуют исторические и археологические материалы, проживали с незапамятных времен и занимались скотоводством и земледелием. Поэтому серебряные плуги являются главными фигурами герба и олицетворяют неугомонный труд земледельца. На верху раскрыл крылья серебряный жаворонок – символ весенних забот хлебопашца. Весной, когда на полях кипит работа, над головой хлебороба протягивает песенку сизокрылый жаворонок, радуясь, предвидя благодатной волной качающиеся колосья, наливающиеся щедрым урожаем. Распелся ныне жаворонок рано Еще ледок не стаял у ворот, еще в снегу заречная поляна, а жаворонок – слышите! – поет. (Р. Гарипов) Лазоревый цвет поля герба олицетворяет чистоту помыслов, мир и благоденствие, дружбу народов разных национальностей, объединенных в единую дружную семью понятием «чекмагушевцы». Каждый из них – настоящий пахарь и сеятель. Серебряный цвет – символ совершенства, благородства, чистоты, мира и взаимного сотрудничества. Золотой цвет на плуге символизирует трудолюбие народа, его оптимизм и стремление к высшим достижениям.

Материалы сайта Государственного Собрания - Курултая Республики Башкортостан