Флаг Чепигинского СП утвержден решением № 37 Совета Чепигинского сельского поселения Брюховецкого района от 5 февраля 2015 года. Согласно тексту Положения о флаге:

3. Описание и обоснование символики флага Чепигинского сельского поселения.
3.1. Описание флага Чепигинского сельского поселения:
"Прямоугольное полотнище с отношением ширины к длине 2:3, воспроизводящее композицию герба Чепигинского сельского поселения Брюховецкого района в синем (голубом), малиновом, белом и жёлтом цветах".
3.2. Обоснование символики флага Чепигинского сельского поселения.
Флаг разработан на основе герба, который языком символов и аллегорий отражает исторические, культурные и экономические особенности сельского поселения.
Малиновый цвет полотнища символизирует цветущую землю, верность, скромность, набожность, а также аллегорически указывает на то, что станица Чепигинская и окрестные населённые пункты основаны потомками черноморских (запорожских) казаков.
Синий (голубой) цвет полотнища символизирует безупречность, добродетель, возвышенные устремления, волю и аллегорически указывает на лиманы.
Административный центр поселения – станица Чепигинская возникла там, где первоначально находился хутор Величковский, переименованный в 1910 году в станицу Чепигинскую, в честь кошевого атамана Черноморского казачьего войска Захария Чепеги, который принял активное участие освоении всех земель современного поселения. В дань уважения атмана Захария Чепиги, в честь которого поселение получило наименование, на флаге поселения изображены элементы герба Захария Чепиги - скрещенные серебряные казачья сабля и стрела, поверх которых положена атаманская булава.
По обычаям Запорожской Сечи престарелые одинокие казаки любили оканчивать свою жизнь в монастыре, поэтому войсковое правительство начало ходатайствовать о строительстве монастыря для казаков. Сразу по переселении на Кубань, в 1794 году, черноморские казаки на Кубани основали Екатерино-Лебяжо-Свято-Николаевскую мужскую пустынь «ради престарелых и раненых казаков, желающих воспользоваться спокойною в монашестве жизнью». Монастырь был построен на Лебяжьем острове Лебяжьего лимана, что и отражено в гербе изображением лебединых крыльев и колокола.
Лебединые крылья – символ развития и прогресса, а также красоты окружающей среды, постоянства, верности и любви.
Белый цвет служит символом благородства, чистоты, справедливости, великодушия.
Жёлтый цвет – символ величия, богатства и процветания, достатка, прочности, превосходства.
Изображение щуки указывает на богатые данным видом рыбы водоёмы поселения.
3.3. Авторская группа:
идея флага: Владимир Нагаевский (Тихорецк); Анатолий Раков (Краснодар);
изображение: Владимир Нагаевский (Тихорецк);
обоснование символики: Владимир Нагаевский и Наталья Нагаевская (Тихорецк).

Материалы предоставлены В. Пермяковым

Флаг внесён в Государственный геральдический регистр РФ под № 10272