Флаг Чишминского района утвержден решением Совета муниципального района Чишминский район Республики Башкортостан от 17 июля 2006 года № 57. Первоначально волны на рисунке были более пологими. Флаг внесен в Государственный геральдический регистр Российской Федерации под № 3249, а также - в Государственный регистр символики в Республике Башкортостан под №063. Автор флага - Салават Гилязетдинов. Описание флага:

"Прямоугольное полотнище с соотношением ширины к длине 2:3, состоящее из семи волнистых полос сверху вниз: синего, белого, синего, белого, синего, белого и зеленого цветов, ширина которых составляет: нижней полосы – 1/9, белых и синих полос (кроме верхней) по 1/20 ширины полотнища. На верхней синей полосе у древка – журавль белого цвета с клювом красного цвета, взлетающий к расположенному в крыже кругу желтого цвета".

Символика флага повторяет символику герба района, поэтому приводим здесь обоснование символики герба Чишминского района:

"Герб района олицетворяет преемственность поколений, уважение к историческому и культурному наследию, заботу о сохранении природных богатств и разумном их использовании. В районе имеются уникальные памятники истории: древние поселения, курганы, дворец Тура-хана. Далеко за пределами России известен Мавзолей Хаджи Хусейнбека, возведенный на его могиле в 1344 году – одного из первых проповедников исламской религии среди башкир.
Главной фигурой герба является устремленный ввысь журавль, символизирующий движение вперед. Расправленные крылья обозначают уверенность, свободолюбие, независимость, а также радушие и гостеприимство. Острый, направленный вверх клюв говорит о способности постоять за себя и за тех, кого он защищает.
Основные цвета герба – голубой, зеленый и белый являются цветами Государственного флага Республики Башкортостан, что подчеркивает территориальную принадлежность Чишминского района к Республике Башкортостан. Основное поле герба лазоревого цвета – символизирует высокую духовность народа, их богатую историю и сегодняшний созидательный труд чишминцев. Лазоревый цвет символизирует также красоту и величие Чишминской земли, с любовью воспетой славным ее сыном – народным поэтом Мустаем Каримом. В центре верхней части поля герба расположен золотой диск солнца, освещающий и согревающий все живое на земле. Золотой цвет также означает богатство и знатность, а также справедливость и милосердие. Через зеленый цвет и три серебряные волнистые линии оконечности герба, разделяющие лазоревое и зеленое поле, переданы природные богатства края – Шингак-Кульский степной дендропарк, озера Акманай, Шигак-Куль, Коряжное, красавица река Дема, а также изобилие, плодородие полей.
Серебряный цвет – символ веры, благородства, чистоты намерений и помыслов.

Материалы сайта Государственного Собрания - Курултая Республики Башкортостан