Флаг сельского поселения Чёрныш утвержден решением Совета сельского поселения "Чёрныш" от 26 октября 2010 года №II-15/6 и внесен в Государственный геральдический регистр РФ под №6523. Описание герба:

"Прямоугольное двухстороннее зеленое полотнище с отношением ширины к длине 2:3, несущее три горизонтальные зубчатые полосы, отстоящие от верхнего края на 2/9, белую, голубую и белую. Ширина каждой белой полосы - 1/20, голубой - 1/6 ширины полотнища. Поверх полос изображена желтая трехствольная флейта".

"Обоснование символики флага сельского поселения Чёрныш.
Флаг разработан на основе герба, который языком символов и аллегорий отражает природные, исторические и культурные особенности сельского поселения Чёрныш. Символика фигур флага многозначна.
История села Чёрныш насчитывает насколько столетий. Первое письменное упоминание о селе относится к 1620 году. Изображенная на флаге, трехствольная флейта - чипсан, древний музыкальный инструмент, распространенный раньше среди народа коми, сегодня почти забыта. Но местные жители сохранили традиции своих предков и здесь свято берегут искусство игры на чипсане. Сегодня чипсан является визитной карточкой села Чёрныш. Трехствольная флейта, перевитая берестой с тисненым национальным орнаментом - аллегория трех населенных пунктов: Чёрныш, Гыркашор и Усть-Лопъю, вошедших в состав единого муниципального образования.
Зубчатая полоса напоминает орнаменты народа коми, дополняя национальную символику.
Полоса, заполненная голубым цветом - символ главной водной артерии муниципального образования - реки Луза. Долгое время местные жители занимались заготовкой и сплавом древесины, а рыболовство популярно и в наши дни. Голубой - цвет водных просторов и бескрайнего неба, символ чести, благородства, духовности.
Особая гордость местных жителей - сохраненная природа. Населенные пункты окружены тайгой, дающей жителям древесину, грибы, ягоды и отраженной на флаге зеленым цветом.
Испокон веков основным занятием местных жителей было сельское хозяйство, земледелие. Зеленый цвет - символ природы, молодости, здоровья, жизненного роста, надежды - образ полей сельского поселения.
Желтый цвет (золото) - символ урожая, богатства, стабильности, уважения, интеллекта.
Белый цвет (серебро) - символ мира и взаимопонимания, чистоты, совершенства.
Авторская группа:
идея флага: К. Сердитов (с. Чёрныш);
геральдическая доработка: Константин Моченов (Химки);
художник и компьютерный дизайн: Ирина Соколова (Москва);
обоснование символики: К. Сердитов (с. Чёрныш), Кирилл Переходенко (Конаково)".

По материалам сайта Союза геральдистов России

Решением Совета СП "Чёрныш" от 26 января 2011 года № II-19/3 в решение от 26.10.2010 г. внесены технические правки.