Флаг Дуванского района утвержден решением Совета муниципального района Дуванский район Республики Башкортостан от 30 июня 2006 года № 69. Первоначально рисунок флага был другим (изображения коня не было, а скрещенные курай и колос помещались на более широкой синей полосе горизонтального сине-жёлтого биколора), но в ходе консультаций с экспертами Геральдического совета флаг был изменён. Флаг внесён в Государственный геральдический регистр под № 3212, а также в Государственный регистр символики в Республике Башкортостан под №046. Автор Салават Гилязетдинов. Описание флага:

"Прямоугольное полотнище синего цвета с соотношением ширины к длине 2:3, в центре которого скачущий к древку конь желтого цвета, в крыже - головка хлебного колоса и соцветие курая накрест желтого цвета".

Символика флага повторяет символику герба. Обоснование символики герба Дуванского района:

"Дуванский район издавна является одним из динамично развивающихся крупных районов республики.
Основной фигурой герба является бегущий золотой конь с развевающейся гривой, который символизирует готовность к преодолению любых препятствий, красоту, величие, доверие и безупречность. Также фигура показывает значимость коневодства для района.
Во главе герба справа золотое соцветие курая - символ дружбы, семь его лепестков олицетворяют семь родов, положивших начало единению народов.
Золотой колос пшеницы - символ плодородия и богатства земель.
Скрещение курая и пшеничного колоса олицетворяет единство многонационального народа района, объединенного трудом.
Две золотые ели обозначает радость, свободу, покой и мир, а также богатство района лесами.
Лазоревый цвет поля герба означает красоту и величие дуванской земли, а также развитие, движение вперед, надежду и мечту.
Серебряные волны - реки, протекающие по территории района - символ чистосердечности, благородства и искренности".

Материалы сайта Государственного Собрания - Курултая Республики Башкортостан