Флаг Эльбрусского муниципального района утвержден решением Совета местного самоуправления Эльбрусского муниципального района от 8 сентября 2021 года № 53/2 и внесен в Государственный геральдический регистр РФ под № 13782. Описание флага:

"Прямоугольное красное полотнище с отношением ширины к длине 2:3, воспроизводящее композицию герба Эльбрусского муниципального района, выполненную белым и желтым цветами. Обратная сторона полотнища зеркально воспроизводит лицевую".

Обоснование символики флага Эльбрусского муниципального района.
Флаг Эльбрусского муниципального района разработан на основе герба Эльбрусского муниципального района и повторяет его символику.
Во флаге Эльбрусского муниципального района языком геральдических символов и аллегорий лаконично отражены особенности его местности, история, основной вид деятельности местного населения и административный состав Эльбрусского муниципального района.
Двойной заснеженный пик символизирует находящуюся здесь легендарную гору Эльбрус, по которой был назван Эльбрусский муниципальный район, тем самым являясь и гласным символом его названия. Эльбрус (5642 метра над уровнем моря) - самая высокая горная вершина России и Европы (при условии проведения границы между Европой и Азией по Главному Кавказскому хребту). Эльбрус и прилегающие к нему районы очень популярны с точки зрения спорта, в том числе альпинистского, а также в рекреационном плане.
Экономическая история Эльбрусского муниципального района тесно связана с добычей молибдена и вольфрама. В 1934 году было открыто Тырныаузское молибденовое месторождение; чуть позже - и вольфрамовое. 20 ноября 1937 года был издан приказ о строительстве комбината - рудника и обогатительной фабрики. 1 сентября 1940 года открылся Тырныаузский вольфрамо-молибденовый комбинат, наибольший экономический подъем на котором пришелся на 1985 - 1990 годы.
Геральдические фигуры "Ленкавицы", расположенные друг напротив друга, образуют вид латинских литер M и W - первых букв в названиях молибдена, который как химический элемент обозначается символом Mo (лат. Molybdaenum), и вольфрама, который обозначается символом W (лат. Wolframium), - символизируют добычу и обогащение этих руд Тырныаузским вольфрамо-молибденовым комбинатом. Геральдической дамасцировкой условно показаны кристаллические решетки вольфрама и молибдена, заполняющие ленкавицы.
Помимо вольфрама и молибдена, недра территории Эльбрусского муниципального района богаты месторождениями строительного гипса, различного вида мрамора (в том числе чёрного), высокопрочных гранитогнейсов, облицовочных гранитов, талька, полевошпатного сырья, кровельных сланцев, аплита (фарфорового камня), аргаллитовых глин, извести и других полезных ископаемых.
Красное поле символизирует крайне высокие температуры, при которых происходит плавление вольфрама и молибдена - одних из самых тугоплавких металлов.
Солнце - символ света, тепла, энергии, жизни, провидения и богатства.
Семь лучей символизируют семь муниципальных образований Эльбрусского муниципального района: город Тырныауз и сельские поселения Бедык, Былым, Баксан, Кёнделен, Лашкута и Эльбрус.
Примененные во флаге цвета дополняют его символику:
желтый цвет (золото) - символ высшей ценности, величия, богатства, уважения;
белый цвет (серебро) - символ чистоты, открытости, божественной мудрости, примирения;
красный цвет (червлень) - символ тепла, энергии (вольфрам и молибден - одни из самых тугоплавких металлов), а также мужества, красоты и праздника.
Авторская группа:
идея флага: местная администрация Эльбрусского муниципального района, Совет местного самоуправления Эльбрусского муниципального района;
геральдическая доработка: Константин Моченов (Химки);
художник и компьютерный дизайн: Анна Гарсия (Москва);
обоснование символики: Ольга Френкель (Москва).

Материалы сайта Союза геральдистов России