Флаг Ермекеевского района утвержден решением Совета муниципального района Ермекеевский район Республики Башкортостан от 14 июля 2006 года № 118. Автор Айрат Усманов. Флаг внесён в Государственный геральдический регистр под №3213, а также в Государственный регистр символики в Республике Башкортостан под №018. Описание флага:

"Прямоугольное полотнище с соотношением ширины к длине 2:3, состоящее из двух равных вертикальных полос: зеленой (у древка) и синей; поверх деления полос - вздыбленный конь желтого цвета".

Символика флага соответствует символике герба района. Обоснование символики герба Ермекеевского района:

Центральной фигурой герба является конь, так как район известен разведением чистокровных лошадей, занимающих призовые места на международных, российских и республиканских соревнованиях.
Конь символически связан с высшей мудростью, которая ведет человека по жизни и олицетворяет связь времен, многовековую народную память, трудолюбие, занятие земледелием. Конь - символ неустрашимой отваги, щедрости, верности, готовности к службе в любое время.
Цвета герба - золотой, синий, зеленый - отражают территориальную принадлежность к Республике Башкортостан.
Золотой башкирский орнамент "кускар" - означает древнее занятие народа земледелием и скотоводством.
Золотая подкова - символ удачи и счастья.
Золото - цвет солнца, зерна, символ высшей ценности, величия, богатства, прочности, силы, великодушия, верности, постоянства.
Лазоревый цвет в гербе символизирует величие, красоту, развитие, движение вперед, надежду и мечту, миролюбие, чистоту помыслов, особо свойственные ермекеевцам.
Зеленый цвет в гербе отражает разнообразие растительного, животного мира и одновременно является символом надежды, изобилия, свободы и вечности жизни".

Материалы сайта Государственного Собрания - Курултая Республики Башкортостан