Центр поселения - станица Фонталовская.

Флаг Фонталовского сельского поселения утверждён Решением Совета Фонталовского сельского поселения Темрюкского района II созыва от 30 августа 2010 года №66. Флаг внесён в Государственный геральдический регистр РФ под № 6469. Согласно тексту Положения о флаге Фонталовского сельского поселения Темрюкского района Краснодарского края:

"2.1. Описание флага Фонталовского сельского поселения гласит:
"Прямоугольное голубое полотнище с отношением ширины к длине 2:3, с изображением посередине желтого равнобедренного треугольника, чье основание примыкает к верхнему краю полотнища и составляет 5/9 длины полотнища, а вершина достигает нижнего края, посередине треугольника изображен голубой фонтан из герба поселения".
2.2. Обоснование символики флага Фонталовского сельского поселения.
Флаг разработан на основе герба Фонталовского сельского поселения.
Композиция флага Фонталовского сельского поселения указывает на природные, географические особенности муниципального образования. Деление полотнища флага на голубые и желтую (золотую) части образно показывают северную и южную границы сельского поселения, которые проходят по берегам Темрюкского и Таманского заливов Азовского моря. Сочетание желтой и голубых частей символизируют природные богатства края: желтый цвет (золото) – символ урожая, плодородия, стабильности, солнечного света и тепла благоприятного для виноградарства; голубой цвет – символ морских просторов, обильных рыбой. Желтый это также цвет песка фонталовских пляжей, привлекающих массу приезжих своим уютом и комфортом.
Фонтан символизирует известный с древних времен источник пресной воды, столь редкий для этих мест. Во многом благодаря наличию пресной воды эти места были освоены человеком несколько тысячелетий назад.
Фонтан на флаге гласно отражает название станицы и всего поселения, делая композицию флага гласной.
2.3. Авторская группа:
идея флага: Совет Фонталовского сельского поселения, Константин Мочёнов (Химки), Анатолий Раков (Краснодар);
художник и компьютерный дизайн: Ольга Салова (Москва);
обоснование символики: Совет Фонталовского сельского поселения, Кирилл Переходенко (Конаково)".

Материалы сайта Фонталовского с.п. (http://www.adm-fontalovskaya.ru)