Флаг Глафировского сельского поселения утверждён Решением Совета муниципального образования Глафировское сельское поселение от 5 марта 2007 года № 8. Затем документы о флаге были изменены, новая версия утверждена Решением Совета муниципального образования Глафировское сельское поселение от 10 ноября 2008 года № 2. Флаг внесен в Государственный геральдический регистр РФ под № 4601. Описание флага (2008):

"Прямоугольное синее полотнище с отношением высоты к длине 2:3, несущее вдоль нижнего края жёлтое изображение волны, по форме сходное с завитком улитки и орнаментированное синими каплями и линиями, а над волной — белое изображение парящей чайки".
Обоснование символики
Флаг языком символов и аллегорий отражает исторические, географические и экономические особенности Глафировского сельского поселения.
Село Глафировка расположено на берегу Азовского моря на Глафировской косе. Село образовано в XVIII веке, и своё название получило в честь Глафиры Романовой.
Жёлтая часть улиткообразного деления флага аллегорически показывает Глафировскую косу, на которой расположено сельское поселение. Жёлтый цвет (золото) символизирует урожай, богатство, уважение, интеллект, стабильность.
Белая чайка аллегорически показывает свободолюбивый дух Глафиры Романовой, которая заботилась о благодеянии своих подопечных. Белый (серебряный) цвет чайки символизирует мир, чистоту, совершенство, взаимопонимание.
Синий цвет (лазурь) — символ красоты, добродетели, преданности, чести и водных просторов.

Источник - "ВИКИПЕДИЯ". Рисунок слева - из архива В. Маркова, справа - увеличенное изображение с сайта типографии "Элен-Принт" (г. Крымск)