Флаг Глубокинского городского поселения утвержден решением Собрания депутатов Глубокинского Городского поселения №142 от 19.08.2022 года. Флаг внесён в Государственный геральдический регистр РФ под № 14032. Описание флага:

"Прямоугольное полотнище с отношением ширины к длине 2:3, воспроизводящее композицию герба Глубокинского городского поселения в красном, голубом, желтом, белом и черном цветах".

Колесо обозначает железнодорожную станцию, бобылев хвост – казацкие традиции, перевязь – кирпичный завод (4 пояса – 4 н.п. в поселении).

Материалы геральдического архива В. Маркова.