Флаг Харовского района утвержден Решением Харовского комитета районного самоуправления от 15 сентября 2003 года №31.

"1.2. Флаг муниципального района представляет собой полотнище: верхняя половина лазурного цвета, нижняя часть зеленого цвета с отношением ширины к длине 2 x 3, несущее изображение фигур герба района в упрощенной версии.
1.3. С левой стороны флаг имеет полосу крепления древка".

По материалам базы нормативных документов Минюста

Решением Муниципального собрания Харовского МР от 6 марта 2006 года №16 в решение от 15.09.2003 г. внесены изменения.

"Флаг Харовского муниципального района представляет собой полотнище золотого цвета и несущее изображение фигур герба Харовского муниципального района. Соотношение ширины к длине - 2:3".

По материалам базы нормативных документов Минюста

Современная версия флага Харовского района утверждена Решением муниципального собрания Харовского муниципального района от 29 июня 2007 года № 40 "О внесении изменений в решения комитета районного самоуправления от 15.09.2003 г. № 31 "О флаге Харовского муниципального района".

"Полотнище золотого цвета, нижняя часть – зеленого цвета, и несущее изображение фигур герба Харовского муниципального района. Соотношение ширины к длине – 2:3".

На изображении флага синий гербовый щит изображался касающимся нижним краем зеленой полосы.

По материалам справочника "Гербы и флаги Вологодской области", Вологда, 2009 г.

Тот же флаг подтверждён Решением Муниципального Собрания Харовского муниципального района № 20 от 28 апреля 2009 года.

"Прямоугольное полотнище с отношением ширины к длине 2:3, воспроизводящее композицию герба в желтом, зеленом, синем и белом цветах".

В версии 28.04.2009 г. гербовый щит изображался несколько выше зеленой полосы.

Окончательная версия флага утверждена Решением Муниципального Собрания Харовского муниципального района № 66 от 24 ноября 2017 года (о внесении изменений в предыдущее решение). Флаг внесен в Государственный геральдический регистр РФ под № 12151. Теперь щит (как и в гербе) изображен воткнутым острым краем в землю.

По материалам геральдического архива В. Маркова.

В 2022 году Харовский муниципальный район был преобразован в Харовский муниципальный округ. При этом как административно-территориальная единица Харовский район сохранился.