Флаг сельского поселения Холмcкое утвержден решением Совета Холмского сельского поселения от 25 декабря 2008 года №424-с и внесен в Государственный геральдический регистр Российской Федерации под №4981. Первоначально крепость была изображена над горой, но позже было решено ее "приземлить". Описание флага:

"Прямоугольное полотнище с соотношением ширины к длине 2:3 с воспроизведенными на нем фигурами из герба поселения, выполненными зелеными, желтыми и оранжевыми цветами".

Обоснование символики герба Холмского сельского поселения .
Герб Холмского сельского поселения языком символов и аллегорий отражает его исторические и географические особенности.
Золотые холмы гласно указывают на название поселения и его центра - станицы Холмской, основанной в 1863 году. Станица Холмская была военно-административным центром, в котором располагался штаб Абинского полка и полковое правление. Гарнизоны Абинской и Холмской кордонных линий отражали нападение шапсугов (коренных жителей Прикавказья), живших по северным и южным склонам Кавказского хребта. Это символически отражено на гербе поселения изображением Абинской крепости. Абинская крепость на гербе Холмского поселения символизирует вхождение поселения в состав Абинского района.
Зеленое поле герба символизирует богатую природу, развитое сельское хозяйство Холмского поселения. Зеленый цвет - символ плодородия, надежды, здоровья.
Золото - символ высшей ценности, величия, великодушия, богатства. Одним из основных предприятий Холмского сельского поселения является Холмский комбинат хлебопродуктов - одно из крупнейших предприятий переработки сельскохозяйственной продукции в Абинском районе. Золото в гербе поселения символ богатого урожая, залог успешной работы комбината хлебопродуктов.
Лазурный пояс символизирует реку Хабль и другие реки, протекающие по территории поселения. Лазурь - символ возвышенных устремлений, искренности, преданности, возрождения.
Авторская группа:
Руководитель проекта: Константин Моченов (Химки);
идея герба: Виктор Зломнов (ст. Холмская), Галина Русанова (Москва);
художник: Галина Русанова (Москва);
компьютерный дизайн: Оксана Афанасьева (Москва);
обоснование символики: Вячеслав Мишин (Химки).

По материалам сайта Союза геральдистов России