Флаг Хвойникского района разработан специалистами Союза геральдистов России, утвержден Решением Думы Хвойниского муниципального района от 15 мая 2012 года № 124 "О флаге муниципального образования Хвойнинский муниципальный район Новгородской области". Флаг внесен в Государственный геральдический регистр РФ под №7747.

"«Прямоугольное двухстороннее полотнище с отношением ширины к длине 2:3, разделённое по горизонтали на две части жёлтого и зелёного цвета (в отношении 7:3). В середине зелёной части полотнища — белая волнистая горизонтальная полоса (шириной 1/10 ширины полотнища), выше которой из зелени вырастают попеременно стоящие три ели и две сосны».
Обоснование символики
Символика фигур флага Хвойнинского муниципального района многозначна:
— сосны и ели (относящиеся к семейству сосновых) являются хвойными деревьями и потому на флаге Хвойнинского муниципального района полугласно отражают название района и его административного центра посёлка Хвойная. Эти вечнозелёные деревья — символизируют постоянство растительной жизни, возрождение природы, долголетие и бессмертие. На территории района расположено большое число лесодобывающих и лесоперерабатывающих предприятий, составляющих основной экономический потенциал района;
— белая волнистая полоса — аллегория ручьёв и речек в изобилии заполнивших территорию района. Символизирует и многочисленные реки района (Песь, Ратца, Кобожа и другие), и свыше 150 больших и малых озёр этого края. Река — символ вечного источника жизни, необратимости бытия, символ движения и неповторимости.
Жёлтый цвет (золото) — символ урожая, богатства, стабильности, уважения.
Зелёный цвет символизирует весну, здоровье, природу, молодость и надежду.
Белый цвет (серебро) — символ чистоты, открытости, божественной мудрости, примирения".

По сообщению А.Юрасова. Текст документа прислан В. Марковым

В 2020 году Хвойнинский муниципальный район преобразован в Хвойнинский муниципальный округ, соответственно все муниципальные образования 1-го уровня, бывшие в составе Хвойнинского муниципального района, упразднены. Как административно-территориальная единица Хвойнинский район сохранился.

Решением Думы Хвойнинского муниципального округа от 18 ноября 2020 года № 44 "О флаге МО Хвойнинский муниципальный округ Новгородской области" существовавший до того флаг Хвойнинского муниципального района был утвержден как флаг Хвойнинского муниципального округа.

"2.1. Описание флага Хвойнинского муниципального округа:
«Прямоугольное двухстороннее полотнище с отношением ширины к длине 2:3, разделенное по горизонтали на две части желтого и зеленого цвета (в отношении 7:3). В середине зеленой части полотнища – белая волнистая горизонтальная полоса (шириной 1/10 ширины полотнища), выше которой из зелени вырастают попеременно стоящие три ели и две сосны».

По информации В. Пермякова