Флаг Илгышевского СП утверждён Решением Собрания депутатов Илгышевского СП от 5 апреля 2016 года № 31.

3.1. Описание флага Илгышевского сельского поселения:
Прямоугольное полотнище с отношением ширины к длине 2:3, воспроизводящее композицию герба Илгышевского сельского поселения Аликовского района в желтом и красном цветах.
3.2. Авторская группа.
Художник и автор идеи флага: Вадим Шипунов;
компьютерный дизайн: Дмитрий Шипунов (оба – Мариинский Посад);

Для справки дадим описание герба и обоснование его символики:

3.1. Геральдическое описание герба Илгышевского сельского поселения.
3.2. Герб Илгышевского сельского поселения может воспроизводиться в многоцветном варианте, в одноцветном контурном варианте, в одноцветном контурном варианте с условной штриховкой для обозначения цветов (шафировкой).
...
3.7. Обоснование символики герба Илгышевского сельского поселения:
Композиция герба составлена исходя из чувашских названий деревень Илгышево – Йалкаш, и деревни Яжуткино – Печек Йалкаш означающих "ярко гореть", "блестеть" ( Н.И.Ашмарин, V,60).
Происхождение названия деревни Тимирзькасы можно объяснить двояко: от чувашского языческого имени Тимер и от рода деятельности первооснователя деревни, название которой образовано от слова "тимерсе" (кузнец).
Почетная геральдическая фигура – пояс, выложенный из трех двенадцатилучевых звезд отражает общность территории и единство Илгышевского сельского поселения и Аликовского района .
Красный цвет аллегорически передает топонимику деревень. Яркий, теплый, радостный, являясь символом храбрости, мужества, в гербе одновременно олицетворяет героев-земляков, участников Великой Отечественной войны.
Переменные цвета звезд : три красных и три желтых символизируют шесть населенных пунктов в составе поселения.
Золото ( желтый ) – цвет солнца, зрелых колосьев, урожая.

По сообщению В. Маркова со ссылкой на сайт Правительства Чувашской Республики

Флаг внесён в Государственный геральдический регистр РФ под № 10970.