Флаг сельского поселения Ильинского утвержден решением Совета муниципального образования Ильинское сельское поселение Новопокровского района №94 от 17 апреля 2012 года. Флаг внесен в Государственный геральдический регистр РФ под №7653.

"Прямоугольное полотнище с отношением ширины к длине 2:3, воспроизводящее композицию герба Ильинского сельского поселения Новопокровского района в красном и белом цветах".

"Обоснование символики:
Герб и флаг языком символов и аллегорий отражают исторические, культурные и экономические особенности сельского поселения.
Изображение Покрова является единым элементом герба и флага всех поселений Новопокровского района Краснодарского края.
Поселение Ильинское было основано в 1798 году переселенцами из Воронежской губернии, а в 1832 году присоединено к Кавказскому линейному войску и получило статус линейной станицы. С 1860 года станица в составе 6 бригад Кавказского линейного войска вошла во вновь образованное Кубанское казачье войско, на что и указывает изображение казака в форме данного казачьего войска.
Изображение казака символизирует мужество, отвагу, готовность в любую минуту встать на защиту своей Родины и аллегорически указывает, что станица Ильинская – казачья станица, где чтут казачью преемственность и сохраняют её традиций среди жителей поселения.
Червлёный (красный) цвет символизирует отвагу, героизм жителей поселения в разные исторические периоды, а также это символ красоты, праздника, труда, тепла.
Серебро – символ простоты, ясности, мудрости и мира.
Конь – символ верности, храбрости, силы, быстроты и жизненной энергии.
Автор герба, изображение и обоснование символики: В. Нагаевский (Тихорецк).

Материалы сайта "Геральдика.Ру" (со ссылкой на М.Шарунова)