Флаг Илишевского района Утвержден решением Совета муниципального района Илишевский район Республики Башкортостан от 14 июля 2006 года № 10-2. Автор Салават Гилязетдинов. Флаг внесён в Государственный геральдический регистр под №2984, а также в Государственный регистр символики в Республике Башкортостан под №021. Описание флага:

"Прямоугольное полотнище синего цвета с соотношением ширины к длине 2:3 с вертикальными полосами желтого цвета (шириной по 1/5 длины полотнища каждая) по краям, в центре которого - вверху бегущий конь белого цвета с гривой, хвостом и копытами желтого цвета, внизу - сноп из хлебных колосьев желтого цвета".

Символика флага повторяет символику герба. Обоснование символики Илишевского района:

"В основу композиции герба положена идея прославления родной земли, мужество и трудолюбие народа.
Современный Илишевский район расположен на вотчинных землях башкир родов Киргиз и Елан. За долгую историю, насчитывающую столетия, народ прошел многие испытания: неоднократно поднимал восстания, защищая свои права на свободу и землю, участвовал в войне 1805-1807 и в Крымской кампании 1853-1856 годов, защищал Отечество в войне 1812 года и в Великой Отечественной войне 1941-1945 годов. Илишевцы прославили себя и в ратном, и в мирном труде.
Поэтому центральной фигурой герба является серебряный бегущий конь - символ мужества, верности и отваги, любви и преданности к Родине.
Издавна илишевская земля славится бескрайними хлебными полями и высокими урожаями, выращиваемыми ее трудолюбивым народом. Именно высокий уровень развития сельского хозяйства определяет сегодняшнее экономическое и социальное благополучие района.
Поэтому основным цветом поля герба является золотой, с выпуклым ромбиком лазоревого цвета в середине, символизирующий бескрайние пшеничные поля - основное богатство района и над ними голубое мирное небо.
Золотой полновесный сноп из хлебных колосьев это воплощение силы жизни, трудолюбие, стремление к развитию и движение вперед особенно присущие населению района.
В знак почитания и сохранения своей истории, культурных традиций в оконечности герба изображены родовые "тамги" башкирских родов Елан и Киргиз (II - два ребра), (Х - ауерна-матушка), потомки которых и ныне живут на этой земле.

Материалы сайта Государственного Собрания - Курултая Республики Башкортостан