27 февраля 2006 года XI сессия Собрания депутатов городского округа «Город Йошкар-Ола» решением № 216-IV утвердила Положение о флаге муниципального образования “Город Йошкар-Ола“», которым было установлено:

"Флаг муниципального образования «Город Йошкар-Ола» представляет собой прямоугольное полотнище с отношением ширины к длине 2:3, лазоревого цвета с двухсторонним изображением в центре полотнища основного элемента герба муниципального образования «Город Йошкар-Ола», развёрнутого к древку, — серебряной лосихи. Вдоль древка – серебряный марийский национальный орнамент. Габаритная ширина изображения основного элемента герба на флаге муниципального образования «Город Йошкар-Ола» должна составлять 2/5 части длины полотнища флага"

Авторы флага – государственный герольдмейстер Республики Марий Эл, заслуженный художник Республики Марий Эл И.В. Ефимов и аспирант института истории Академии наук Республики Татарстан П.И. Ефимов.

Данное решение не было опубликовано и в силу не вступило, флаг не изготавливался.

Источник - http://www.i-ola.ru/city/gerb.php

Уже 26 декабря 2006 года решением VIII сессии Собрания депутатов городского округа «Город Йошкар-Ола» № 361-IV было внесено изменение в Положение о флаге муниципального образования «Город Йошкар-Ола», согласно которому упоминание о серебряном марийском национальном орнаменте было убрано из описания флага.

"Прямоугольное полотнище с отношением ширины к длине 2:3, лазоревого цвета с двухсторонним изображением в центре полотнища основного элемента герба муниципального образования «Город Йошкар-Ола», развернутого к древку, - серебряной лосихи. Габаритная ширина изображения основного элемента герба на флаге муниципального образования «Город Йошкар-Ола» должна составлять 2/5 части длины полотнища флага.

Использован рисунок Ю.Калинкина (г.Долгопрудный). Текст документа прислан В. Марковым

В новой редакции Положение о флаге вступило в силу после официального опубликования 17 июля 2007 года в газете "Йошкар-Ола" №27.

Использованы документы сайта "Региональное законодательство Республики Марий Эл» Сергея Комарова, официального сайта администрации г.Йошкар-Олы и статьи В.Н.Пермякова "Флаг Йошкар-Олы"

В 2007 году флаг Йошкар-Олы (с лосихой) внесен в Государственный геральдический регистр РФ под № 2786.

22 июня 2011 года XVIII сессия Собрания депутатов городского округа «Город Йошкар-Ола» пятого созыва Решением № 285-V внесла изменения в положения о гербе и флаге МО «Город Йошкар-Ола», заменив в их описаниях слова "серебряной лосихи" словами "серебряного лося с золотыми рогами и копытами". Видимо, республиканские геральдисты решили, что для геральдики более характерно изображение самцов.

"Флаг муниципального образования «Город Йошкар-Ола» представляет собой прямоугольное полотнище с отношением ширины к длине 2:3, лазоревого цвета с двухсторонним изображением в центре полотнища основного элемента герба муниципального образования «Город Йошкар-Ола», развернутого к древку - серебряного лося с золотыми рогами и копытами. Габаритная ширина изображения основного элемента на флаге муниципального образования «Город Йошкар-Ола»должна составлять 2/5 части длины полотнища флага.