Флаг Ишимского района утверждён Решением от 4 октября 2002 года №34 ("О Гербе и Флаге объединенного муниципального образования Ишимский район"). Что это был за флаг, нам пока не известно.

Решением Думы Ишимского муниципального района от 14 марта 2006 года №309 "Об утверждении Положения о Гербе и Флаге Ишимского муниципального района" было утверждено новое Положение... и объявлено утратившим силу Решение о гербе и флаге от 4 октября 2002 года №34 "О Гербе и Флаге объединенного муниципального образования Ишимский район" Cогласно тексту Положения о гербе и флаге:

"Глава II. Флаг Ишимского муниципального района
Статья 9.
Флаг Ишимского муниципального района (далее Флаг) представляет собой прямоугольное полотнище из трех равных по ширине горизонтальных полос: верхней - желтого, средней - зеленого и нижней - синего.
Отношение ширины флага к его длине - 1:2".

По информации М.В.Ревнивцева со ссылкой на правовую систему "Гарант"

29 декабря 2010 года на заседании Ишимской районной Думы Решением №189 были утверждены новые герб и флаг Ишимского муниципального района. Описание флага Ишимского района cогласно Положению о флаге:

"Полотнище с отношением ширины к длине 2:3, состоящее из двух равных горизонтальных полос, в свою очередь разделенных по вертикали пополам - верхняя на белую (у древка) и синюю, нижняя на синюю и белую части. Посредине каждой из полос помещено изображение карася, при этом на белом фоне изображение выполнено синим и красным, а на синем - желтым и красными цветами. Обратная сторона зеркально воспроизводит лицевую".

Формально с конца 2010 года по апрель 2011 года район имел два официальных флага. Только Решением Думы Ишимского муниципального района от 19 апреля 2011 г. N 207 "О признании утратившим силу решения Думы Ишимского муниципального района от 14.03.2006 N 309 "Об утверждении Положения о гербе и флаге Ишимского муниципального района" хоть и несколько с запозданием, но отменен флаг 2006 года...

Флаг Ишимского района внесен в Государственный геральдический регистр РФ под № 6705.