Проект флага Искитимского района составлен Юрием Александровичем Пановым. Главная деталь проекта - цветок "кандык сибирский". Цветок символизирует красоту и неповторимость сибирской природы, а также аллегорически символизирует рост, развитие, связь поколений, стремление к новым высотам и достижениям. Разноцветные листья представляют многонациональное население района, объединенное единством целей, интересов, общей историей и судьбой.

По материалам статьи В.Онопрейчука в газете "Конкурент" (20.02.2006)

Флаг Искитимского района утвержден Решением Совета депутатов Искитимского района от 20 апреля 2006 года №90. Флаг внесён в Государственный геральдический регистр РФ под № 2369.

"Флаг Искитимского района представляет собой прямоугольное полотнище, в золотом поле чёрное, пониженное острие, клиновидно выщербленное вверху, из которого выходят опрокинутое, изогнутое, лазоревое стропило и внутри его растение — кандык сибирский, имеющий зелёные стебель с листьями и цветок, состоящий из чёрной сердцевины с расположенным внутри серебряным шестилепестковым пестиком, шести лепестков, переходящих от сердцевины из серебра в пурпур и шести золотых пестиков, расположенных между лепестками. Отношение ширины флага к его длине 2:3".

3олотой (жёлтый цвет) — символ радушия, гостеприимства, справедливости, а также развитого сельского хозяйства — «золотых» полей и полезных ископаемых — «золотых» недр, являющихся одними из основных источником богатства и благополучия жителей района.
Чёрный цвет — символ образованности, скромности, осторожности, постоянства в испытаниях.
Чёрное, выщербленное острие символизирует разрабатываемый преимущественно открытыми разрезами Горловский угленосный бассейн с крупнейшими в России запасами антрацита, являющийся единственной сырьевой базой для электродной промышленности восточных регионов России. Здесь построен и действует один из крупнейших в мире Новосибирский электродный завод.
Лазоревый (синий, голубой) цвет — символ благополучия, мира, верности, движения вперёд, богатых водных ресурсов района — самого водообеспеченного в Новосибирской области, расположенного в междуречье рек Оби (Новосибирского водохранилища) и Берди. Кроме того, лазоревое стропило, напоминающее бьющие из земли струи воды, указывает на расположенный у ст. Ложки Святой источник, являющийся местом широкого паломничества.
Зелёный цвет — символ надежды, изобилия, возрождения, жизненных сил.
Серебряный (белый) цвет — символ веры, чистоты, искренности, благородства, преданности избранному делу.
Пурпурный (бордовый, фиолетовый) цвет — символ достоинства, умеренности, силы и могущества.
Кандык сибирский — редкий цветок, произрастающий на территории района, внесён в Красную книгу. Символизирует красоту и неповторимости сибирской природы, а также аллегорически символизирует рост, развитие, связь поколений, стремление к новым высотам и достижениям. Разноцветные листья представляют многонациональное население района, объединённое единством целей, интересов, общей историей и судьбой".

...

Окончательный вариант флага (после правок все того же решения № 90 от 20.04.2006 г. и согласования в Геральдическом совете) такой:

Прямоугольное полотнище с соотношением ширины к длине 2:3, состоящее из двух разновеликих полос: желтой и черной, занимающей 1/8 ширины флага. Из центра нижнего края полотнища, треугольно разделяя черную полосу, выходят две диагональные синие полосы, расширяющиеся кверху и упирающиеся в верхние углы флага. Между синими полосами по центру полотнища вертикально изображено растение - кандык сибирский, имеющее зеленый стебель с листьями и цветок, состоящий из черной сердцевины с расположенным внутри белым пятилепестковым пестиком, пяти лепестков, переходящих от сердцевины из белого в фиолетовый и пяти желтых тычинок, расположенных между лепестками.

По сообщению В. Маркова