Флаг Иссинского района утвержден решением Собрания представителей Иссинского района от 31 августа 2006 года №305-35/1 и внесен в Государственный геральдический регистр РФ под №2503. Описание флага:

"Флаг Иссинского района представляет собой прямоугольное скошенное бело-красное полотнище с соотношением сторон 2:3, несущее в середине красно-серебряную ветку ивы, положенную по линии скошения, листьями вверх".

Обоснование символики флага Иссинского района.
Флаг Иссинского района разработан на основе герба района.
Районный центр Исса основан на рубеже XVII - XVIII веков и назван по реке, на которой построен. В документах XVII века он упоминается как Иса. Вероятно, названия речки и поселения связаны с мордовским "иса" (ива). Возможно, названия произошли от древнего финно-угорского "ис" - вода, река (сравните марийское слово "икса - ветвь, протока", которое могло произноситься без "к" - "иса"). Известно, что ива растет по берегам водоемов, рек, прудов. Поэтому близость двух вариантов происхождения названия районного центра отражена в гербе веткой ивы, которая внешним видом напоминает протоки, ручейки собирающиеся в одну широкую водную артерию.
Важной вехой в истории района стал то, что с XVIII века здесь находилось имение графов Воронцовых, что символически отражено на флаге диагональным делением флага на красную и белую части - так же как разделен щит герба графов Воронцовых (ОГДРРИ т. I, 28).
Красный цвет - символ мужества, жизнеутверждающей силы и красоты, праздника.
Белый цвет - символ чистоты, совершенства, мира и взаимопонимания.
Авторская группа:
идея флага: Константин Моченов (Химки), Александр Тюстин (Пенза), Игорь Шишкин (Пенза);
художник: Оксана Фефелова (Балашиха);
компьютерный дизайн: Галина Русанова (Москва);
обоснование символики: Вячеслав Мишин (Химки).

Использованы материалы сайта Союза геральдистов России; Источник фото - http://tv-express.ru/region_info/8/