Муниципальное образование упразднено в 2018 году в связи с преобразованием бывшего Дмитровского муниципального района в Дмитровский городской округ.

Флаг Якотского утвержден решением Совета депутатов сельского поселения Якотское от 14 августа 2007 года № 17/11 и внесен в Государственный геральдический регистр РФ под №3716. Описание флага:

"Прямоугольное полотнище с отношением ширины к длине 2:3, воспроизводящее композицию герба сельского поселения Якотское в голубом, белом, черном, малиновом и желтом цветах".

"Обоснование символики флага сельского поселения Якотское.
Среди многих сельских поселений Московской области Якотское выделяется тем, что на территории поселения расположен Всероссийский научно-исследовательский институт пресноводного рыбного хозяйства (пос. Рыбное), а при нем уже долгие годы готовит кадры для рыбной промышленности Дмитровский рыбопромышленный техникум. Это нашло отражение на флаге сельского поселения - рыбы на голубом поле. Лазурное поле символизирует и реку Якоть, и водохранилище на ней расположенное.
История поселения и составляющих его сел, деревень и поселков неразрывно связана с Дмитровским уездом, а ныне с Дмитровским районом, в состав которого поселение входит. На флаге поселения представлена часть флага Дмитровского района - княжеская шапка на горностаевом меху. В разных селах и деревнях сельского поселения в разное время жили князья Шуйские (род ведет начало от легендарного Рюрика и киевского князя Владимира, в 1606 году Василий Шуйский стал царем России), Прозоровские (один из которых был генерал-фельдмаршалом), Голицыны (род ведет свое начало от Великого князя Литвы Гедемина), принадлежавшие к избранным родам России, что также символизируется горностаевым мехом.
Белый цвет (серебро) - символ чистоты, ясности, открытости.
Лазурь - символ возвышенных устремлений, искренности, преданности, возрождения.
Горностаевый мех - знак королевского достоинства, светской и религиозной знатности.
Авторская группа:
идея флага: Константин Моченов (Химки), Алла Шведова (Химки);
художник: Алла Шведова (Химки);
компьютерный дизайн: Оксана Афанасьева, Алла Шведова (Химки);
обоснование символики: Вячеслав Мишин (Химки).

По материалам сайта Союза геральдистов России