При утверждении флага района в 2009 году было признано утратившим силу Решение районной думы от 29 ноября 2002 года №104. Что это было за решение: объявление конкурса, утверждение проекта флага или что-то другое, нам не известно...

Флаг Качугского района утвержден Решением Думы Качугского муниципального района Иркутской области от 28 августа 2009 года №277 "О флаге муниципального образования „Качугский район“ Иркутской области" и внесён в Государственный геральдический регистр РФ под №5732.

3.1. Описание флага Качугского района:
"Прямоугольное полотнище с отношением ширины к длине 2:3, состоящее из двух горизонтальных полос - белой и голубой (1:3) и воспроизводящее посередине белой полосы изображение черного, обернувшегося на бегу, соболя, а посередине голубой - изображение белого скачущего оленя с черными глазами".
3.2. Обоснование символики флага Качугского района.
Территория Качугского района - своеобразный музей Иркутской области под открытым небом. В Качугском районе находится более 300 памятников истории и архитектуры, в том числе древние могильники и знаменитые Шишкинские писаницы. На берегу реки Лены, в 3 км выше деревни Шишкино на спускающихся к воде скалах хорошо видны уникальные рисунки-петроглифы. Впервые их описал участник Великой Северной экспедиции Степан Крашенинников в 1736 году. Подробно изучавший петроглифы известный советский археолог, академик Алексей Окладников отнес «писаницы» к эпохе палеолита - времени зарождения первобытного искусства. На одном из наскальных рисунков изображен конный воин со знаменем в руках. Это изображение стало основой герба Республики Саха (Якутия). Аналогичные рисунки можно видеть и у деревни Картухай, близ которой в скале находится пещера со следами древней стоянки. В ней и по сей день, находят костяные и железные наконечники стрел, предметы быта древних людей. Всего на скалах в верховьях Лены нарисовано почти 2 тыс. рисунков. Сцены охоты, быта, картины переселения народов легли на природное полотно, протяженность которого 3,5 км.
На флаге Качугского района стилизованное изображение фигурок соболя и оленя - аллегория наскальных рисунков, символ памятников истории и архитектуры здешних мест.
Соболь - символ процветания Сибирских земель, поскольку именно пушнина как "мягкое золото" манила в далекие неизведанные края первопроходцев.
Олень - символ богатой фауны здешних лесов, основа жизнедеятельности проживающих в Качугском районе представителей коренного малочисленного народа Севера - эвенков.
Белая полоса над голубым полем - аллегория нового пешеходного подвесного моста через реку Лену - предмет особой гордости жителей Качуга. Длина пролета моста составляет 126 м, ширина -2 м. Раньше жители Качуга пользовались понтонным мостом. Содержание его было весьма затратным для муниципального бюджета. Каждую осень мост разбирали, а весной собирали и ремонтировали. С постройкой нового пешеходного моста сообщение между частями района стало круглогодичным.
Голубой цвет (лазурь) - символ всех водных ресурсов района (рек, речушек, озер), символ возвышенных устремлений, искренности, преданности, возрождения.
Черный цвет символизирует благоразумие, мудрость, скромность, честность.
Белый цвет (серебро) - символ чистоты, ясности, открытости, божественной мудрости, примирения.
3.3. Авторская группа:
- идея флага:. Какоулина Е.М. (Качугский район), Константин Моченов (Химки);
- художник и компьютерный дизайн: Ирина Соколова (Москва);
- обоснование символики: Вячеслав Мишин (Химки)".

По материалам сайта Союза геральдистов России