Город Троицкосавск был основан в 1728 году, князем Саввой Рагузинским. Город находился на пересечении торговых путей из России в Китай. Троицкосавский уезд входил в состав Троицкосавского округа, образованного в 1872 году. Троицкосавский острог основан в 1727 году. В 1805 году Троицкосавск получил статус города.
В 1728 году построен Кяхтинский форпост близ Троицкосавска. В 1743 году Кяхта стала торговой слободой. В 1774 году в Кяхте учрежден магистрат и ратуша.
В 1851 году в Троицкосавске введено градоначальство (т.н. Кяхтинское градоначальство).
В 1923 году Троицкосавский аймак вошел в новобразованную Бурят-Монгольскую автономную Советскую Социалистическую Республику. В 1934 году город Троицкосавск объединён с торговой слободой Кяхта и переименован в Кяхту.

Флаг Кяхтинского района утвержден Решением Совета депутатов МО "Кяхтинский район" №3-9с от 25 сентября 2008 года. Флаг района внесен в Государственный геральдический регистр РФ под №5075. Согласно тексту Положения о гербе и флаге района:

"Глава 3. Флаг Кяхтинского района.
Статья 8.
Флаг района представляет собой красное полотнище, ширина и длина которого соотносятся как 2:3, в центе которого расположена эмблема из герба района с заменой золота – желтым цветом, а серебра – белым.
Оборотная сторона флага является зеркальным отображением его лицевой стороны.
Цветное изображение флага дано в приложении 2 к настоящему Положению.

Для справки дадим и описание герба:

"В поле зеленом и червленом, рассеченном и опрокинуто-стропильно разбитом без числа – золотые сообращенные оторванные головы орла и дракона, имеющие червленые глаза и языки".

По сообщению А.Куприна ("БИАР", г.Москва)

Флаг города Кяхты разработан Д.Ивановым и М.Медведевым. Флаг утвержден Решением Совета депутатов МО "город Кяхта" от 26 апреля 2007 года №17с-4. Флаг внесен в Государственный геральдический регистр РФ под № 3424.

"Флаг муниципального образования представляет собой сине-голубое полотнище, ширина и длина которого соотносятся как 2:3, воспроизводящее эмблемы исторического кяхтинского герба (оторванная голова дракона с красными глазами и языком; гонты, т.е. вертикальные прямоугольники, располагаются по углам полотнища) с заменой геральдического золота на желтый (охристый) цвет. Оборотная сторона флага является зеркальным отображением его лицевой стороны.

По материалам сообщения на сайте "Геральдика сегодня" и информации В. Пермякова