Флаг Кандалакши составлен на основе утвержденного 26.2.2008 года герба. При его создании использованы проекты А. Юшкова и В.Хламина. Флаг утвержден Решением Совета депутатов ГП Кандалакша от 26 февраля 2008 года №176 "О флаге МО ГП Кандалакша". Cогласно тексту Положения о флаге:

"3. Описание и обоснование символики флага городского поселения Кандалакша.
3.1. Описание флага городского поселения Кандалакша гласит:«Прямоугольное полотнище с отношением ширины к длине 2:3, состоящее из двух горизонтальных полос красной и синей (в 1/5 ширины полотнища) и воспроизводящее фигуру герба городского поселения: желтый карбас с белым парусом и вымпелом, и над ним летящую желтую гагу».
3.2. Обоснование символики флага городского поселения Кандалакша.Флаг разработан на основе герба городского поселения.Первое упоминание о Кандалакше относится к 1526 году, это одно из древнейших поселений Кольского полуострова. Место, на котором было основан поселок, во многом определило образ жизни местных жителей: Кандалакшский залив Белого моря славится богатством и разнообразием морской и пресноводной фауны. Изображенный на флаге карбас – самое распространенное в прошлом судно поморов символизирует традиционность рыбного промысла, который является основным занятием местных жителей на протяжении нескольких столетий.Поморский карбас (как и летящая гага в гербе) - символ свободолюбия, независимости, движения вперед, творческого озарения.Желтый цвет (золото) – символ богатства, стабильности, уважения и интеллекта.Белый цвет (серебро) – символ чистоты, совершенства, мира и взаимопонимания, северных просторов. Белый цвет созвучный с цветом алюминия на флаге Кандалакши аллегорически указывает на самое северное предприятие алюминиевой промышленности, расположенное здесь и являющееся одним из ведущих предприятий города.Синий цвет – символ чести, благородства, духовности, чистого неба и бескрайних морских просторов.Красный цвет – символ мужества, силы, отваги, труда подчеркивает весомый вклад местных жителей в освоение и развитие северного края и в мирное и в военное время.
3.3. Авторская группа:идея флага: Константин Моченов (г.Химки), Анатолий Холоша, Андрей Юшков (г.Кандалакша);художник: Андрей Юшков (г.Кандалакша);компьютерный дизайн: Оксана Афанасьева (г.Москва), Андрей Юшков (г.Кандалакша);обоснование символики: Кирилл Переходенко (г.Конаково)".

По сообщению М.В.Ревнивцева

Флаг внесен в Государственный геральдический регистр РФ под №3965.