Флаг Казачинского МО утверждён Решением Думы Казачинского МО №134 от 25 декабря 2015 года. Флаг внесен в Государственный геральдический регистр РФ под № 10739. Описание флага:

Сине-голубое полотнище с отношением ширины к длине 2:3, в центре которого воспроизведена фигура из герба муниципального образования (кольцо с кувшинкой внутри, соединенное с фигурой лебедя), при этом геральдический серебряный цвет на флаге воспроизводится белым, а геральдический золотой – желтым цветом; контуры и прорисовка эмблемы – темно-синие. Оборотная сторона флага является зеркальным отображением его лицевой стороны.

Материалы геральдического архива В. Маркова