Флаг Казачинско-Ленского района утвержден решением районной Думы от 28 сентября 2005 года № 128 и внесен в Государственный геральдический регистр РФ под № 2108. Описание флага:

"Флаг Казачинско-Ленского района представляет собой прямоугольное голубое полотнище с отношением ширины к длине 2:3, несущее изображение жёлтого орлана с белым хвостом и с белой рыбой в лапах, и под ним - два узких сходящихся остриями треугольника, разделённых по горизонтали на белые и голубые половины; к остриям треугольников сверху присоединён белый ромб, снизу - голубой; ниже треугольников и ромбов полотнище белое".
Обоснование символики флага Казачинско-Ленского района.
Флаг разработан на основе герба района.
Казачинский район был образован в 1926 году в составе Киренского округа. В 1930 году был переименован в Казачинско-Ленский район. Заселение территории района русскими "промышленными людьми" началось с XVII столетия и происходило в основном по берегам реки Киренги, которая является основным водным объектом района играющим важную роль в жизни местного населения. Название реки произошло от эвенкийского слова "кирен" - названия птицы (орлана-белохвоста) и слова "гна" - места, где она вьет свое гнездо. Изображение орлана-белохвоста, держащего рыбу делает "гласным" название реки на флаге.
Своеобразие Казачинско-Ленского района состоит в том, что большая часть его территории представлена в первозданном природном облике. Белыми треугольниками аллегорически показаны неповторимые вершины Байкальского хребта и хребта Акиткан, среди которых особое место занимают уникальные по красоте памятники природы: ледник "Солнечный" находящийся на высоте 1800-1900 метров близ пика Черского и водопад "Большой Каскад" на реке Куркуль.
Белый цвет (серебро) в геральдике - символ чистоты, искренности, мира и взаимопонимания.
Голубой цвет символизирует на флаге свежесть воздуха и чистоту водных просторов района, в зеркальной глади которых отражаются горные вершины.
В геральдике голубой цвет - символ благородства, чести, духовности.
Жёлтый цвет (золото) - символ уважения, богатства, стабильности, интеллекта.
Авторская группа:
идея флага: Константин Моченов (Химки);
Петр Наумов (Иркутск);
Евгений Корниенко (п. Магистральный);
обоснование символики: Кирилл Переходенко (Конаково);
компьютерный дизайн: Оксана Афанасьева (Москва).

По материалам сайта Союза геральдистов России. Текст документа предоставлен В. Пермяковым.