Флаг Кигинского района утвержден решением Совета муниципального района Кигинский район Республики Башкортостан от 14 июля 2006 года № 1-10-5. Флаг внесён в Государственный геральдический регистр под №2991, а также в Государственный регистр символики в Республике Башкортостан под № 050. Автор флага - Марат Халиуллин. Первоначально все фигуры на флаге были жёлтыми, позже крону дерева решено было сделать серебристой. Описание флага:

Прямоугольное полотнище голубого цвета с соотношением ширины к длине 2:3, в центре которого незначительно смещенный к древку дуб со стволом желтого цвета и кроной белого цвета, и под ним идущий крылатый конь желтого цвета.

Символика флага повторяет символику герба района. Обоснование символики герба Кигинского района:

Идея герба - показать возвышенность, благородство и духовное богатство кигинцев, красоту родного края.
Центральной фигурой герба является крылатый конь Акбузат, о котором в народе сложено много красивых легенд, - символ богатства края историческими и культурными традициями.
Золотой крылатый конь, готовый взмыть в небо, символизирует мечту жителей района о процветании родного края.
Могучий дуб с корнями символизирует силу, могущество, борьбу и победу, прочность народа, живущего на этой земле.
Пышная серебряная крона олицетворяет красоту природы района и богатство его лиственным лесом. Кроме того, территория района является северной и восточной границей ареала произрастания европейского дуба.
Особенности климата прохладного и умеренно влажного переданы через лазоревый цвет поля герба.
Золото - геральдический символ великодушия, достоинства и богатства. Серебро - символ чистоты, невинности, миролюбия, открытости, готовности к взаимному сотрудничеству.

Материалы сайта Государственного Собрания - Курултая Республики Башкортостан