До 2012 года Кленовское с.п. входило в состав Подольского района Московской области. С 1 июля 2012 года вступило в силу Соглашение об изменении границы между субъектами Российской Федерации городом Москвой и Московской областью от 29 ноября 2011 года. К Москве отошли 2 городских округа и 19 городских и сельских поселений на юго-западе Московской области. В том числе и Кленовское сельское поселение.

Флаг Кленовского с.п. утверждён Решением Совета депутатов сельского поселения Кленовское №17/7 от 8 апреля 2011 года "О флаге сельского поселения Кленовское Подольского муниципального района Московской области". Cогласно тексту Положения о флаге:

"2.1. Описание флага сельского поселения Кленовское:
"Прямоугольное малиновое (пурпурное) полотнище с отношением ширины к длине 2:3, имеющее по краям полосу желтого цвета (максимальной шириной 1/9 ширины полотнища), состоящую из пчелиных сот в два ряда, из которых внешний ряд составлен из половинок сот, а внутренний ряд имеет пропуски сот через один; в центре полотнища воспроизведена фигура из герба поселения – желтый кленовый лист".
2.2. Обоснование символики флага сельского поселения Кленовское.
Флаг отражает исторические и экономические особенности сельского поселения Кленовское.
Кленовый лист – гласный символ названия поселения и его административного центра села Клёново. Клен (татарский, остролистный, полевой) является медоносным деревом.
Пчелиные соты – аллегория пчелиного улья, символизирует старинный промысел – бортничество (собирание дикого мёда), процветавший в этих местах когда-то. Пчелиные соты несут символ защиты, домашнего тепла, сплоченности и поддержки.
Малиновый цвет (пурпур) – символизирует славное прошлое Кленовских земель, некогда бывших во владении известных в России людей (князей Борятинских, князя С.В. Ромодановского, А.И. Нейдгардта, известного государственного деятеля и военачальника). Пурпур – символ власти, величия, благородства и древности происхождения.
Желтый цвет (золото) – символ высшей ценности, величия, великодушия, богатства, урожая.
2.3. Авторская группа:
идея: Евгений Иванов, Александр Пичурин, Аксана Таратунина (все – Подольский район), Константин Моченов (Химки);
художник: Оксана Фефелова (Балашиха);
компьютерный дизайн: Ольга Салова (Москва);
обоснование символики: Вячеслав Мишин (Химки).
2.4. Рисунок флага сельского поселения Кленовское приводится в приложении, являющемся неотъемлемой частью настоящего Положения.

Решением Совета депутатов сельского поселения Кленовское №21/2 от 18 августа 2011 года решение №17/7 от 08 апреля 2011 года "О флаге сельского поселения Кленовское Подольского муниципального района Московской области" было отменено.

Флаг Кленовского с.п. утверждён Решением Совета депутатов сельского поселения Кленовское №21/4 от 18 августа 2011 года "О флаге сельского поселения Кленовское Подольского муниципального района Московской области". Cогласно тексту Положения о флаге:

"2.1. Описание флага сельского поселения Кленовское:
"Прямоугольное малиновое (пурпурное) полотнище с отношением ширины к длине 2:3, имеющее по краям полосу желтого цвета (максимальной шириной 1/9 ширины полотнища), состоящую из пчелиных сот в два ряда, из которых внешний ряд составлен из половинок сот, а внутренний ряд имеет пропуски сот через один; в центре полотнища воспроизведена фигура из герба поселения – желтый кленовый лист".
2.2. Обоснование символики флага сельского поселения Кленовское.
Флаг отражает исторические и экономические особенности сельского поселения Кленовское.
Кленовый лист – гласный символ названия поселения и его административного центра села Клёново. Клен (татарский, остролистный, полевой) является медоносным деревом.
Пчелиные соты – аллегория пчелиного улья, символизирует старинный промысел – бортничество (собирание дикого мёда), процветавший в этих местах когда-то. Пчелиные соты несут символ защиты, домашнего тепла, сплоченности и поддержки.
Малиновый цвет (пурпур) – символизирует славное прошлое Кленовских земель, некогда бывших во владении известных в России людей (князей Борятинских, князя С.В. Ромодановского, А.И. Нейдгардта, известного государственного деятеля и военачальника). Пурпур – символ власти, величия, благородства и древности происхождения.
Желтый цвет (золото) – символ высшей ценности, величия, великодушия, богатства, урожая.
2.3. Авторская группа:
идея: Евгений Иванов, Александр Пичурин, Аксана Таратуна (все – Подольский район), Константин Моченов (Химки);
художник: Оксана Фефелова (Балашиха);
компьютерный дизайн: Ольга Салова (Москва);
обоснование символики: Вячеслав Мишин (Химки).
2.4. Рисунок флага сельского поселения Кленовское приводится в приложении, являющемся неотъемлемой частью настоящего Положения".

Использованы материалы сайта Кленовского с.п.

В ноябре 2011 года флаг Кленовского внесён в Государственный геральдический регистр РФ под № 7228.

Решением Совета депутатов поселения Кленовское в городе Москве от 18 апреля 2024 года № 69/3 утверждено "Положение о гербе и флаге поселения Кленовское в городе Москве". Фактически вновь подтвержден уже существующий флаг. Описание флага:

"Прямоугольное малиновое (пурпурное) полотнище с отношением ширины к длине 2:3, имеющее по краям полосу желтого цвета (максимальной шириной 1/9 ширины полотнища), состоящую из пчелиных сот в два ряда, из которых внешний ряд составлен из половинок сот, а внутренний ряд имеет пропуски сот через один; в центре полотнища воспроизведена фигура из герба поселения — желтый кленовый лист".

По информации И. Афонасенко