Флаг Кольцово утверждён Решением Совета депутатов рабочего поселка Кольцово № 94 От 14 ноября 2007 года.

""Прямоугольное полотнище с соотношением ширины к длине 2:3, состоящее из четырех разновеликих горизонтальных полос белого, синего, белого и зеленого цветов. Соотношение ширины полос к ширине полотнища соответственно 7/10, 1/30, 1/2-0, 1/5. У древка на верхней белой полосе – пятикратно радиально рассеченный зеленый березовый лист, обремененный синим кольцом, тонко окаймленным снаружи и заполненным внутри белым цветом, с вписанной прядью, состоящей из пяти волнообразных красных нитей, положенной в пояс, и отходящим к основанию узким синим столбом".

По сообщению В. Маркова

Положение о гербе и флаге рабочего посёлка Кольцово утверждено Решением Совета депутатов р.п. Кольцово от 23 апреля 2008 года №25 "О Положении "О гербе и флаге рабочего поселка Кольцово":

"3. Флаг рабочего поселка Кольцово
3.1. Геральдическое описание
Флаг р.п. Кольцово представляет собой прямоугольное полотнище, состоящее из четырех разновеликих горизонтальных полос белого, синего, белого и зеленого цветов. Соотношение ширины полос к ширине флага соответственно 7/10, 1/30, 1/20 и 1/5.
У древка на верхней белой полосе изображена главная фигура герба рабочего поселка Кольцово - пятикратно радиально рассеченный зеленый березовый лист, обремененный синим кольцом, тонко окаймленным снаружи и заполненным внутри белым цветом, с вписанной прядью, состоящей из пяти волнообразных красных нитей, положенной в пояс, и отходящим к основанию узким синим столбом.
Отношение ширины флага к его длине 2:3.
Рисунок флага в многоцветном варианте помещен в приложении № 3.
3.2. Обоснование символики
Цвета флага рабочего поселка Кольцово заимствованы из герба рабочего поселка Кольцово и означают:
Белый цвет - символ искренности, чистоты помыслов и преданности жителей рабочего поселка Кольцово избранному делу, их веры в развитие и процветание своей малой Родины.
Зеленый цвет - символ надежды, здоровья, изобилия, возрождения жизненных сил.
Березовый лист отражает расположение рабочего поселка в зеленой зоне Новосибирской области, символизирует красоту сибирской природы.
Лазоревый (синий, голубой) цвет - символ благополучия, стремления жителей поселка к познанию окружающего мира.
Кольцо говорит о названии рабочего поселка - Кольцово.
Кольцо (круг) является символом единства, цельности, совершенства и духовности. Оно отражает особенность формирования рабочего поселка как самостоятельного образования с развитой инфраструктурой.
Червленая прядь нитей - стилизованное изображение так называемой "плазмиды", являющейся центральной фигурой логотипа градообразующего предприятия поселка - Государственного научного Центра вирусологии и биотехнологии "Вектор", с созданием которого в 1974 г. связано возникновение и развитие рабочего поселка Кольцово.
Кольцо с выходящим из него узким столбом напоминают лупу, "увеличивающую" гены. Все вместе: рассеченный березовый лист, кольцо, лупа, плазмида - образуют аллегорический ряд, символизирующий высокий научно-исследовательский потенциал, лидирующее положение в области медицинских, биотехнологических исследований, отражают статус наукограда Российской Федерации, присвоенный рабочему поселку Кольцово Указом Президента Российской Федерации 17.01.2003 № 45.

Решением Совета депутатов р.п. Кольцово № 56 от 30 сентября 2009 года в Положение "О гербе и флаге рабочего поселка Кольцово" внесены изменения, изменилось описание флага:

""Флаг рабочего посёлка Кольцово представляет собой прямоугольное полотнище белого цвета. В середине полотнища изображена главная фигура герба рабочего посёлка Кольцово — пятикратно радиально рассечённый зелёный берёзовый лист, обременённый синим кольцом, тонко окаймлённым снаружи и заполненным внутри белым цветом, с вписанной прядью, состоящей из пяти волнообразных красных нитей, положенной в пояс, и отходящим к основанию узким синим столбом. Отношение ширины флага к его длине 2:3".

Источник - "ВИКИПЕДИЯ" (автор сообщению - Permjak)

В феврале 2010 года флаг Кольцово внесён в Государственный геральдический регистр РФ под № 5788.

Решением Совета депутатов р.п. Кольцово от 8 апреля 2020 года № 20 в Положение о гербе и флаге поселка внесены некоторые изменения. В частности, в описании флага слово "ПЯТИКРАТНО" заменено на "СЕМИКРАТНО".

По информации В. Пермякова