Флаг Колышлейского района утверждён решением Собрания представителей района №380-45/1 от 2 ноября 2006 года и внесён в Государственный геральдический регистр под №2770. Описание флага:

"Флаг Колышлейского района представляет собой прямоугольное желтое полотнище с соотношением ширины к длине 2:3, несущее в центре композицию из герба района: зеленый дубовый лист поверх которого накрест положенные серебряный колчан со стрелами с золотым оперением и натянутый лук".
Обоснование символики флага Колышлейского района.
Флаг Колышлейского района разработан на основе герба района и воспроизводит фигуры гербовой композиции, отражающие его исторические, экономические и культурные особенности района.
Центральное место на флаге занимают крестообразно положенные колчан со стрелами и натянутый лук - элементы герба дворян Вырубовых, родовое поместье которых находилось в селе Колтовское, Колышлейского района. Многие представители этого древнего рода служили Российскому государству.
На территории района расположен Белокаменский лесной парк - государственный заповедник, памятник природы. Дубовый лист в гербе - символ этого заповедника, характеризуемого редкими породами деревьев: амурский бархат, серебристый тополь, сибирский кедр и многие другие. Лесной парк - этот "оазис в степи", созданный руками человека, является законной гордостью жителей района.
Зеленый цвет символизирует весну, здоровье, природу, плодородие.
Белый цвет - символ чистоты, совершенства, мира и взаимопонимания. Желтый цвет - символ урожая, богатства, стабильности, уважения и интеллекта.
Авторская группа:
идея флага: Александр Голубков (Колышлейский район), Инна Лупанова (Колышлейский район), Константин Моченов (г.Химки);
художник и компьютерный дизайн: Галина Русанова (г.Москва);
обоснование символики: Вячеслав Мишин (г.Химки).

Использованы материалы сайта Союза геральдистов России